Był naukowcem renesansowej miary, łączącym ścisłą metodologię działania z wszechstronnym wykształceniem obejmującym fizykę, chemię i biologię. Należał do XIX-wiecznej polskiej szkoły chemików organicznych, której przewodził Marceli Nencki.

Jan Zaleski urodził się 8 marca 1869 roku ze związku Adama Zaleskiego (doktora medycyny) i Apolonii Kucharzewskiej. Ojciec Jana nauki lekarskie pobierał w warszawskiej Akademii Medyko-Chirurgicznej, po czym wyjechał z Warszawy i osiadł w Kalwarii Augustowskiej, gdzie został lekarzem tamtejszego szpitala i gdzie na świat przyszedł jego syn. Zmarł przedwcześnie, zaledwie w 34. roku życia, ale jego związki z medycyną zdaje się przełożyły się na syna, który choć lekarzem nie był, związał się z jej obszarem na trwałe.

W 1888 roku Jan Zaleski ukończył IV Gimnazjum w Warszawie, po czym wstąpił na studia astronomiczne i matematyczne na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim, które ukończył w 1893 roku, składając pracę końcową pt. Kilka uwag o oznaczaniu czasu i szerokości miejsca za pomocą lunety przejściowej. Warto także wspomnieć, iż od 1888 roku w Warszawie przy tutejszym Muzeum Przemysłu i Rolnictwa działała Sekcja Chemiczna (przemianowana później na Koło Chemików), zrzeszająca chemików polskich, a w której pierwsze kroki w eksperymentach chemicznych stawiali m.in. Kazimierz Jabłczyński, Maria Skłodowska i właśnie Jan Zaleski.

W kolejnych latach Zaleski wzbogacał wiedzę z zakresu nauk biologicznych w Instytucie Biologii Doświadczalnej w Petersburgu u Marcelego Nenckiego – lekarza, fizjologa i chemika o ogromnych osiągnięciach w badaniach nad przemianami mocznika i rolą aminokwasów w organizmach żywych. Nieco później, pod okiem jednego z pionierów polskiej chemii organicznej – profesora Bronisława Radziszewskiego – studiował chemię w zorganizowanej przez niego nowoczesnej pracowni chemicznej na Uniwersytecie Lwowskim. Radziszewski zainteresował swego młodego współpracownika zwłaszcza przemianami związków aromatycznych. U niego też Zaleski doktoryzował się w 1907 roku, zaś habilitował 10 lat później.

Związany był z kilkoma placówkami naukowymi: z Instytutem Medycyny Doświadczalnej w Petersburgu – jako asystent Oddziału Chemicznego (1895–1901), Akademią Rolniczą w Dublanach jako kierownik Katedry Chemii Organicznej (1904–1907), Instytutem Medycznym dla Kobiet w Petersburgu – jako wykładowca (1907–1915), a następnie kierownik Katedry Chemii (1917–1918). Do objęcia profesury w Rosji wymagana była „rosyjska” habilitacja; w tej sytuacji Zaleski dopełnił tej formalności, przedstawiając na uniwersytecie w Piotrogrodzie pracę (drukowaną później po polsku) Zastosowania spalań elementarnych metodą Deustedta do analizy pochodnych barwnika krwi. Opuścił Rosję zaraz po uzyskaniu przez Polskę niepodległości. Przybył do stolicy, wiążąc się na stałe z tutejszym Uniwersytetem, w którym objął Katedrę Chemii Farmaceutycznej i Toksykologicznej (1922–1932) oraz Katedrę Chemii Analitycznej (1928–1932). Zamieszkał w dość skromnych warunkach w domu przy ulicy Nowy Zjazd 5.

Był chemikiem o światowej renomie, zajmującym się w głównie chemią organiczną. Z okresu pobytu w Petersburgu pochodzi jego wspólna z Marcelim Nenckim i Iwanem Pawłowem praca dotyczące przemian mocznika O sodierżanii ammiaka w krowi i organach i obrazowanii moczewiny u mlekopitajuszczich (1895–1896) oraz wspólne z Nenckim badania nad strukturą barwnika krwi, których wyniki zawarł w artykule O produktach odtleniania heminy za pomocą jodowodorku i jodku fosforu oraz o budowie heminy i jej pochodnych (1901). Zaleski określił także wzór sumaryczny mezoporfiryny (1903) oraz wspólnie z Kazimierzem Lindenfeldem opracował oryginalną metodę otrzymywania heminy (1924). Jego wielki wkład w badania nad strukturą barwnika krwi jest niezaprzeczalny.

Należał do tych uczonych, którzy nie poprzestają jedynie na pracach czysto doświadczalnych, lecz także angażują się w działalność organizacyjną i dydaktyczną.

W latach 20. XX wieku założył na Uniwersytecie Warszawskim jedną z pierwszych w Polsce pracowni naukowych chemii analitycznej (1922), prowadzącą badania nad mikroanalizą ilościową związków organicznych oraz współorganizował Wydział Farmaceutyczny UW (od 1926). Należał do czołowych organizatorów życia akademickiego i naukowego u początku odradzającej się uczelni warszawskiej. W latach 1925–1928 zasiadał w Senacie Uniwersytetu, reprezentując Oddział Farmaceutyczny, a następnie Wydział Farmaceutyczny UW.

Był dobrym dydaktykiem. Na uniwersytecie prowadził wykłady z zakresu chemii farmaceutycznej, toksykologicznej i fizjologicznej. Pisał podręczniki do tych przedmiotów, uzupełniając w ten sposób braki wydawnicze. W 1924 roku ukazały się Ćwiczenia z chemji farmaceutycznej oraz Podręcznik do ćwiczeń analitycznych z chemji farmaceutycznej.

Odrębną kartę w życiu Jana Zaleskiego stanowiła działalność wojskowa. W latach 1919–1922 kierował w stopniu pułkownika WP Oddziałem Chemicznym przy Wojskowej Radzie Sanitarnej (później przemianowanej na Wojskowy Instytut Sanitarny) w Warszawie, a następnie pełnił obowiązki kierownika Zakładu Środków Spożywczych. Opracował także tablice składu chemicznego i kaloryczności produktów spożywczych stosowanych w Wojsku Polskim.

Profesor Zaleski uchodził za bezinteresownego i skromnego człowieka, profesora szczególnie pobłażliwego dla studentów. Zmarł 22 sierpnia 1932 roku w Warszawie.