Pochodził ze starej szlacheckiej rodziny, z dawna osiadłej na Podlasiu. Jego rodzicami byli Franciszka z Kowalskich i Władysław Bądzyńscy. Ojciec gospodarował w majątku Czekanów, parafia Skrzeszew w powiecie sokołowskim. Tam 30 kwietnia 1862 roku urodził się Stanisław Ludwik Filip. W domu spędził wczesne dzieciństwo i otrzymał początki edukacji. Ze srebrnym medalem ukończył następnie rządowe (rosyjskie) gimnazjum w Siedlcach, po czym rozpoczął studia na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym w Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. Tu po raz pierwszy zetknął się z prawdziwym uciskiem rusyfikacyjnym, o wiele dotkliwszym aniżeli w siedleckim gimnazjum. Tu także po raz pierwszy rozpoczął działalność konspiracyjną. Pozostawał pod silnym wpływem Romana Dmowskiego – kolegi z tego samego Wydziału, młodszego, lecz już doświadczonego w nielegalnej pracy niepodległościowej.

Tego doświadczenia i wynikających stąd koniecznych umiejętności zabrakło jednak przybyłemu z sielskiego Podlasia konspiratorowi świeżej daty, toteż studentem Uniwersytetu w Warszawie był bardzo krótko, niespełna dwa lata – od października 1881 roku do kwietnia 1883. Został relegowany z uczelni i wezwany do poboru wojskowego. Na szczęście pobór odbywał się drogą losowania, które fortunnym trafem wypadło dla niego pomyślnie. Temu tylko zawdzięczał, że nie został wcielony do rosyjskiej armii.

Aby kontynuować naukę, jeszcze tego samego roku wyjechał do Lwowa, stołecznego miasta Galicji stanowiącej autonomiczną prowincję w austrowęgierskim cesarstwie Habsburgów. Lwowski Uniwersytet był uczelnią polską. Bądzyński zapisał się na Wydział Matematyczno-Przyrodniczy, gdzie pragnął rozwijać swoje zainteresowania chemiczne. Było to z jego strony bardzo dobre posunięcie, ponieważ w tym czasie chemia uniwersytecka we Lwowie przeżywała okres rozkwitu. Zwłaszcza znana była w kraju i poza jego granicami lwowska szkoła chemii organicznej, stworzona przez profesora Bronisława Radziszewskiego. Wyszło z tej szkoły1 wielu wybitnych organików. Niektórzy z nich zapisali się w historii nauki jako odkrywcy reakcji chemicznych, funkcjonujących następnie w literaturze pod ich nazwiskami2. Reakcje chemiczne, wyróżnione nazwiskiem swego odkrywcy, mają zazwyczaj wagę fundamentalną. Określa się je jako reakcje imienne. Sam Radziszewski również miał w dorobku swoją reakcję imienną (syntezą Radziszewskiego nazywano przekształcanie nitryli w amidy kwasów karboksylowych, przebiegające pod wpływem wody utlenionej w środowisku alkalicznym).

Nic zatem dziwnego, że to właśnie we Lwowie chemia organiczna zafascynowała młodego Stanisława Bądzyńskiego. Tej młodzieńczej fascynacji pozostał wierny już na zawsze. Na Uniwersytecie Lwowskim studiował przez kolejne dwa lata poświęcając wiele uwagi chemii związków aromatycznych, w czym przede wszystkim specjalizowała się pracownia profesora Radziszewskiego.

W czasie tych studiów szczególnie zainteresowały Bądzyńskiego procesy chemiczne zachodzące w organizmach ludzi i zwierząt w warunkach zdrowia i choroby. Było to jedno z najbardziej aktualnych zagadnień ówczesnej nauki. Duże osiągnięcia miał już na tym polu Marceli Nencki, z którym łączyła Radziszewskiego wieloletnia współpraca. Nencki – chemik, lekarz i fizjolog – był wtedy profesorem chemii fizjologicznej na Uniwersytecie w Bernie. W jego szwajcarskim laboratorium odbywali staże badawcze przyrodnicy z wielu krajów Europy, w tym także liczni uczniowie Radziszewskiego.

Do Berna udał się także Stanisław Bądzyński, aby za radą i wstawiennictwem swojego lwowskiego mistrza wykonać pracę doktorską w cieszącej się zasłużonym uznaniem katedrze uniwersyteckiej Nenckiego. Swoje studia w Bernie rozpoczął w październiku 1885 roku. Nencki zajmował się wówczas strukturą białek oraz aminokwasami i estrami fenylowymi, co rok później zaowocowało uzyskaniem salolu – pierwszego syntetycznego leku o działaniu antyseptycznym. Dla Bądzyńskiego były to zagadnienia nowe i zbyt skomplikowane, aby mogły stanowić przedmiot jego własnych badań. Dlatego też, wybierając temat rozprawy doktorskiej, powrócił do lepiej mu znanych związków aromatycznych. Stopień doktora filozofii w zakresie chemii otrzymał w listopadzie 1887 roku.

Po doktoracie pozostał w Bernie. Najpierw otrzymał posadę asystenta w kantonalnym Zakładzie Badania Środków Żywności, gdzie zajmował się składem chemicznym masła i mleka. Badał jakość masła oferowanego przez handel oraz opracował nową metodę oznaczania zawartości tłuszczu w mleku. Po dwóch latach zmienił pracę. Został zatrudniony jako chemik w miejscowym szpitalu.

Kontakt z medycyną szpitalną ukazał mu ogromną rolę i przydatność chemii w diagnostyce. Był to ten obszar wiedzy, któremu od dawna pragnął się poświęcić. Zaczął odczuwać brak wykształcenia lekarskiego. Postanowił ten brak uzupełnić. W roku 1892 przeniósł się więc do Zurychu i na tamtejszym uniwersytecie podjął pracę asystenta profesora Hermanna Eichhorsta w klinice chorób wewnętrznych oraz zapisał się na ćwiczenia anatomiczne.

Późniejszy biograf, uczeń i współpracownik Stanisława Bądzyńskiego, Stefan Dąbrowski, tak charakteryzował ten okres: „W Zurychu warunki pracy w klinice Eichhorsta były ciężkie. Młody badacz polski dostał do wyłącznego rozporządzenia pokój z szafką wyciągową i stołem roboczym ze zwykłym urządzeniem. Na wagę analityczną nie było już miejsca. Trzeba było ją umieścić w kancelarii profesora. Do obowiązków owego asystenta-chemika w klinice wewnętrznej należało wykonywanie rozbiorów chemicznych dla wszystkich klinik uniwersyteckich”3.

Oczywiście o studiowaniu w tej sytuacji nie mogło być mowy. Zbyt obciążony pracą opuścił Bądzyński już po kilku miesiącach Zurych i wyjechał do Lipska w nadziei, że tam łatwiej uda mu się pogodzić studia z koniecznością pracy na własne utrzymanie. Zajęcia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu w Lipsku rozpoczął latem 1892 roku, pełniąc jednocześnie obowiązki asystenta-chemika w kierowanej przez prof. Carla Ludwiga katedrze fizjologii. Bardzo szybko okazało się jednak, że zmiana, której dokonał, wcale nie była zmianą na lepsze. Tu także praca w laboratorium pochłaniała mu tyle czasu, że żadną miarą nie starczało go już na naukę. W listopadzie tego samego roku porzucił więc Lipsk i udał się do Bazylei, aby tam spróbować szczęścia.

W Bazylei znalazł wreszcie warunki korzystniejsze. Otrzymał miejsce w uniwersyteckim Zakładzie Chemii Fizjologicznej, którego kierownikiem był profesor Gustav von Bunge. Bunge pochodził z Dorpatu, gdzie urodził się i wykształcił. Z racji miejsca urodzenia był w młodości, podobnie jak Bądzyński, poddanym rosyjskim, toteż przybysza z Polski traktował jak rodaka. Podobne były także jego zainteresowania – najpierw uzyskał doktorat z chemii na Uniwersytecie w Dorpacie, później doktorat medycyny w Lipsku, habilitację z fizjologii, wreszcie profesurę chemii fizjologicznej w Bazylei.

W Zakładzie Bungego zastał Stanisław Bądzyński atmosferę pełną życzliwości i sprzyjającą pracy naukowej. Z zapałem zajął się tematem dotyczącym właściwości białek, który wraz z nim realizował przybyły z Włoch Luigi Zoja – lekarz, asystent kliniki chorób wewnętrznych Uniwersytetu w Parmie. Ta współpraca stała się początkiem ich przyjaźni i zaowocowała wspólnymi publikacjami. Najważniejszym osiągnięciem tego dwuosobowego zespołu było odkrycie obecności fosforanu wapnia w kryształach białka (ovalbuminy).

Mimo wszystkich sprzyjających okoliczności Bądzyński nie mógł jednak dłużej pozostawać w Bazylei ze względu na ciągle niełatwą sytuację materialną. Nie porzucił wszakże myśli o ukończeniu studiów medycznych. Z pomocą znów przyszedł mu Bunge, polecając go jako utalentowanego młodego naukowca swemu ziomkowi – profesorowi von Schröderowi z uniwersytetu w Heidelbergu. Bądzyński został prywatnym asystentem Schrödera w Instytucie Farmakologii. Wykonywał zlecone przez profesora syntezy, w tym głównie lecznicze pochodne kwasu salicylowego, kontynuując jednocześnie i doprowadzając do szczęśliwego zakończenia tylekroć przerywane studia. Doktorem medycyny został w Heidelbergu w 1895 roku.

W kwietniu 1897 roku Stanisław Bądzyński przyjechał do Krakowa. Do przyjazdu nakłonił go Odo Bujwid, który miał niebawem otrzymać nominację profesora zwyczajnego higieny. Bujwid – pionier polskiej bakteriologii, wykształcony na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim i za granicą, przybysz z dawnego Królestwa Polskiego, czuł się wyobcowany w krakowskim środowisku naukowym. Dlatego też jako współpracowników najchętniej „grupował wokół siebie niemal wyłącznie królewiaków”4. Znał wysokie kwalifikacje Bądzyńskiego i dlatego pragnął, aby to on właśnie objął stanowisko kierownika nowo tworzonego Państwowego Zakładu Badania Środków Spożywczych w Krakowie.

Tymczasem Bądzyński jako cudzoziemiec nie mógł w Galicji pełnić państwowych funkcji kierowniczych. Musiał więc ubiegać się o przyznanie mu obywatelstwa austriackiego. Cała związana z tym procedura trwała kilka tygodni, w czasie których pracował na Uniwersytecie Jagiellońskim w charakterze asystenta profesora Bujwida.

Gdy wszystkie przeszkody biurokratyczne zostały przezwyciężone, Bądzyński energicznie przystąpił do organizowania Zakładu. Nową placówkę urządził w wynajętym budynku i zatrudnił potrzebnych pracowników. Nie minął rok, a kierowany przez niego Zakład Badania Środków Spożywczych mógł już z powodzeniem realizować kontrolę galicyjskiego handlu artykułami żywnościowymi5.

W Krakowie Stanisław Bądzyński znalazł nie tylko zapewniającą byt materialny pracę, ale także żonę. Ożenił się z Zofią Lubomęską, córką Władysława Ruperta Lubomęskiego – biologa, dyrektora Wyższej Szkoły Rolniczej w Dublanach, a następnie profesora Studium Rolniczego na Uniwersytecie Jagiellońskim. W tym małżeństwie urodziło się później czworo dzieci – dwie córki i dwóch synów.

Krakowski okres w życiu Stanisława Bądzyńskiego stanowił jednak zaledwie krótki, dwuletni epizod, ponieważ w początkach roku 1899 nadeszła ze Lwowa interesująca propozycja. Dotyczyła objęcia kierownictwa Zakładu Higieny na Wydziale Lekarskim tamtejszego Uniwersytetu. Dla Bądzyńskiego była to propozycja wprost wymarzona. To, co robił w Krakowie, miało w jego odczuciu charakter działań bardziej rutynowych niż twórczych. Przypominało pracę, jaką wykonywał w Bernie zaraz po swoim doktoracie. Lwów natomiast otwierał przed nim możliwości pełnego wykorzystania zdobytej wiedzy chemicznej i medycznej oraz dawał upragnioną szansę realizacji badań na najciekawszy dla niego temat, czyli badań procesów chemicznych zachodzących w organizmach żywych.

Nietrudno się domyślić, że propozycję tę przyjął bez wahania. Zakończywszy wszystkie swoje krakowskie obowiązki, wyjechał do Lwowa. Nowe stanowisko objął 1 kwietnia tego samego roku i od razu przystąpił do organizowania i wyposażania laboratoriów w swojej nowej placówce. Pomagał mu w tym z wielkim zaangażowaniem jego asystent, absolwent studiów medycznych na Uniwersytecie Jagiellońskim, Kazimierz Panek, późniejszy znany bakteriolog, fizjolog i profesor higieny zwierząt. Już po roku lwowski Zakład Higieny pracował pełną parą prowadząc badania, głównie na użytek macierzystego Wydziału Lekarskiego i udostępniając pracownie dla potrzeb dydaktyki.

We Lwowie spędził Stanisław Bądzyński dwadzieścia następnych lat. Były to lata pod względem naukowym najbardziej owocne w jego życiu. Znalazł się znów w kręgu szkoły Radziszewskiego. Sam Radziszewski, który okres własnych największych osiągnięć badawczych miał już za sobą, pracował nadal na uniwersytecie, kształcąc nowe kadry chemików organików. Gdy w 1910 roku przechodził na emeryturę, redakcja „Kosmosu” wydała dedykowany mu, specjalny numer tego pisma6, zawierający prace jego uczniów i przyjaciół. Znalazł się w tym numerze również artykuł7 Stanisława Bądzyńskiego na temat fizjologicznej przemiany białek.

Bądzyński był już wtedy profesorem zwyczajnym higieny, kierownikiem Zakładu Chemii Lekarskiej oraz kierownikiem Katedry Chemii Fizjologicznej i jednocześnie prowadził wykłady chemii dla studentów medycyny. Tę naukową, organizacyjną i dydaktyczną aktywność przerwały działania I wojny światowej. Najpierw Lwów przez prawie rok pozostawał pod okupacją rosyjską, później odbili miasto Austriacy. Zmobilizowana młodzież studencka walczyła na frontach, a pomieszczenia uniwersyteckie zajmowane były czasowo przez szpital polowy. Asystenci i współpracownicy Bądzyńskiego wcieleni do służby sanitarnej stawiali czoła epidemiom wybuchającym w wojsku i wśród ludności cywilnej. Wielu z nich zginęło. W Zakładzie Chemii Lekarskiej przez całą niemal wojnę profesor sam, jak strażnik, trwał na stanowisku, chroniąc Zakład przed dewastacją.

Kiedy w listopadzie 1918 roku Polska proklamowała niepodległość, rozpoczęły się walki z Ukraińcami o Lwów. Bądzyński natychmiast włączył się w organizowanie obrony. Z ramienia Narodowej Demokracji, której był członkiem, wszedł w skład Komitetu Bezpieczeństwa i Ochrony Dobra Publicznego, ciała pełniącego rolę lokalnego rządu. W Komitecie Bezpieczeństwa otrzymał Bądzyński funkcję naczelnika Wydziału Zdrowia.

Z bronią w ręku natomiast walczył o Lwów najstarszy syn Stanisława Bądzyńskiego – kilkunastoletni Stefan, wówczas jeszcze uczeń gimnazjum. Dwa lata później Stefan brał udział w wojnie z najazdem bolszewickim. Zginął na Wołyniu w 1920 roku, odznaczony Krzyżem Walecznych oraz Virtuti Militari.

Stanisław Bądzyński był wtedy już od roku profesorem Uniwersytetu Warszawskiego. Kierował Katedrą i Zakładem Chemii Fizjologicznej na Wydziale Lekarskim. Powrócił do tych samych gmachów i pracowni, w których przed prawie czterdziestoma laty rozpoczynał swoją chemiczną edukację. Ale jakże inny był teraz Uniwersytet! Odzyskany, znowu polski – jak przed wiekiem.

Warunki pracy nie były tu łatwe. Obciążony nadmiernie obowiązkami organizacyjnymi i dydaktyką pracował ponad siły8. W dodatku ciężko przeżył utratę syna, co bardzo odbiło się na jego zdrowiu. Zajęciom na Uniwersytecie poświęcił się bez reszty. Wykształcił wielu uzdolnionych chemików organików i fizjologów. Większość z nich stanowiła później kadrę naukową różnych wyższych uczelni. Był w tym względzie do pewnego stopnia kontynuatorem lwowskiej szkoły Bronisława Radziszewskiego. Tę ciągłość problematyki badawczej i dydaktyki podkreśliło w swoisty sposób Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika, dedykując Bądzyńskiemu, podobnie jak niegdyś Radziszewskiemu, specjalny numer swego czasopisma. Ów specjalny numer „Kosmosu”, zawierający artykuły naukowe współpracowników i uczniów Bądzyńskiego, ukazał się w 1924 roku, wydany z okazji dwudziestopięciolecia pracy uniwersyteckiej i trzydziestosiedmiolecia działalności naukowej. Wśród autorów znaleźli się między innymi: Jerzy Modrakowski, Stanisław Przyłęcki, Wacław Giedroyć, Zygmunt Leyko, Kazimierz Panek, Leon Marchlewski, Stefan Dąbrowski.

Zmożony przewlekłą chorobą Stanisław Bądzyński wycofał się w 1927 roku z czynnego życia uniwersyteckiego, a dwa lata później zmarł. Zdarzyło się to 9 lutego 1929 roku. Jak zwykle w takich razach, naukowa prasa odnotowała ten fakt kilkoma wspomnieniami pośmiertnymi. Mroźnym przedpołudniem 12 lutego jego uczniowie ponieśli na swych barkach trumnę na Powązki. W imieniu warszawskich uczelni przemawiał nad grobem ksiądz dziekan profesor Bukowski9.

Jest w tym miejscu (kwatera 109–1–18) na starym Cmentarzu Powązkowskim piękny nagrobek. Napis rzeźbiony w różowym piaskowcu informuje, że spoczywają tu:

Data urodzenia Stanisława Bądzyńskiego widniejąca w tej nagrobnej inskrypcji jest o rok późniejsza niż we wszystkich drukowanych w różnych latach biogramach. Na tę różnicę pierwsza zwróciła uwagę Krystyna Kowalska, autorka hasła dotyczącego Bądzyńskiego w Słowniku biologów polskich10. Ponieważ nigdzie poza nagrobkiem – ani w nekrologach, ani we wspomnieniach okolicznościowych – data 1863 nie występuje, jest wielce prawdopodobne, że kamieniarz otrzymał błędną informację lub sam się pomylił.

W pierwszą rocznicę śmierci pamięć swojego profesora uczcił wspaniale Uniwersytet Warszawski. Przebieg uroczystości zorganizowanych z tej okazji odnotowała ówczesna prasa, między innymi „Myśl Narodowa”11. W „Polskiej Gazecie Lekarskiej” ukazała się następująca relacja:

„Dnia 8 lutego r. b. o godz. 8 wieczorem odbyła się z inicjatywy Wydziału lek. U. W. w Auli Uniwersytetu uroczysta akademia ku czci ś. p. Stanisława Bądzyńskiego profesora zwycz. chemii fizjolog. U. W. W organizowaniu jej uczestniczyły wszystkie stowarzyszenia, których prof. Bądzyński był czynnym członkiem, a więc: Senat Uniwersytetu Warszawskiego, Wydział Lekarski Uniwersytetu Warszawskiego, Wydział Lekarski Uniw. Jana Kazimierza we Lwowie, Polska Akademia Umiejętności, Towarzystwo Naukowe Warszawskie, Akademia Nauk Lekarskich, Polskie Tow. Chemiczne, Tow. Przyrodników im. Kopernika, Polskie Tow. Biologiczne.

Na uroczystość przybyli liczni słuchacze, wśród których widziano przedstawicieli Rządu, świata naukowego i oficjalnych organizacji lekarskich. Akademię zagaił Jego Magnificencja Rektor prof. T. Brzeski. Następnie przemawiali kolejno prof. S. Dąbrowski z Poznania, prof. dr Sieradzki ze Lwowa, wreszcie dr J. May, imieniem ostatnich uczniów prof. Bądzyńskiego.

W podniosłych słowach podkreślali mówcy znamienne cechy charakteru zmarłego. Jego głęboki do największych poświęceń zdolny patriotyzm i prawdziwe, linią całego życia stwierdzone umiłowanie nauki, a specjalnie chemii fizjologicznej, której się poświęcił, oryginalność umysłu przejawiającą się w bogatym i cennym dorobku naukowym i mnogości hojnie rozdawanych tematów. Wreszcie godną całości dobroć i skromność, wielkiej miary ludziom właściwą. W Zakładzie Chemii Fizjologicznej, którego kierownikiem był prof. Bądzyński przez lat 8 zakończyła się uroczystość niniejsza odsłonięciem tablicy pamiątkowej.

Prof. S. Przyłęcki zakomunikował zebranym, że Rada Wydziału Lekarskiego U. W., doceniając mnogość i wagę zasług ś. p. prof. Bądzyńskiego, uchwaliła jednogłośnie nazwać dużą salę ćwiczeń imieniem tego zacnego Obywatela i wielkiego uczonego. Jednocześnie Wydział Nauki M. W. R. i O. P. zgodził się na wniosek Wydziału Lekarskiego utworzyć stypendium im. ś. p. prof. Bądzyńskiego dla badań nad przemianą składników azotowych”12.

Tablica, o której mowa w tej relacji, została wmurowana w sali laboratoryjnej, gdzie profesor Bądzyński spędzał najwięcej czasu, kierując pracami młodszych adeptów nauki, pragnących jak on poznawać tajniki życia biologicznego poprzez badanie procesów chemicznych.