Józef Ejsmond urodził się 17 kwietnia 1862 roku w miejscowości Skrzynno koło Radomia, w rodzinie ziemiańskiej. Szkołę średnią (V Gimnazjum w Warszawie) ukończył w roku 1881 i w tym samym roku rozpoczął studia na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. Dwukrotnie zmieniał kierunek studiów. Z początku (1881–1882) uczęszczał na wykłady na Wydziale Prawniczym Uniwersytetu. Później studiował malarstwo w Klasie Rysunkowej w Warszawie. Wreszcie w roku 1884 rozpoczął studia z zakresu zoologii na oddziale przyrodniczym Wydziału Fizyko-Matematycznego Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. Ukończył je w roku 1889 ze stopniem kandydata nauk przyrodniczych, po wysłuchaniu wykładów profesorów Rosjan, Pawła Mitrofanowa i Wasyla Uljanina, a przede wszystkim pracującego tu jeszcze do 1889 roku profesora zoologii Augusta Wrześniowskiego. W roku 1895 otrzymał tytuł magistra na podstawie wykonanej w pracowni Wrześniowskiego rozprawy o pierwotniakach żyjących na kiełżach, za którą otrzymał złoty medal.

Józef Ejsmond jeszcze jako student rozpoczął pracę w laboratorium Augusta Wrześniowskiego, pod kierunkiem tego uczonego pogłębiając wiedzę protistologiczną. Po ukończeniu studiów zatrudniony został na Cesarskim Uniwersytecie, z początku (w 1890 roku) jako laborant przy katedrze anatomii porównawczej Uniwersytetu. Rozpoczął tu pracę naukową w kierunku cytologicznym i embriologicznym, a więc w innej specjalności niż u Wrześniowskiego. Później, przez ponad 20 lat (1894–1915), pracował jako asystent (nadetatowy, później etatowy laborant) profesora Pawła Mitrofanowa przy katedrze anatomii porównawczej, a następnie przy katedrze histologii i embriologii, i w podległym jej Gabinecie Zootomicznym. W latach 1911–1915 zajmował także stanowisko docenta w zakresie anatomii porównawczej na Wyższych Kursach Żeńskich prowadzonych przy Cesarskim Uniwersytecie. Oprócz tego przez cały ten czas, od ukończenia studiów, był nauczycielem przedmiotów przyrodniczych w kilku warszawskich prywatnych szkołach średnich. Ejsmond był jednym z członków założycieli (1907) Towarzystwa Naukowego Warszawskiego i przewodniczącym (od 1907 do – formalnie – 1919 roku) jego Wydziału III nauk matematycznych i przyrodniczych, a także w latach 1908–1912 naczelnym redaktorem wydawnictw TNW. Był zamiłowanym ogrodnikiem i w Towarzystwie Ogrodniczym Warszawskim pełnił w latach 1891–1901 funkcję sekretarza Komisji Teorii Ogrodnictwa i Nauk Przyrodniczych. Czynny był także w Towarzystwie Przyrodniczym (Obščestvo Estestvoispytatelej) przy Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. W uznaniu jego naukowego dorobku Akademia Umiejętności w Krakowie przyjęła go do grona członków korespondentów (1914).

W połowie 1915 roku do Warszawy zbliżali się Niemcy. Józef Ejsmond – inaczej niż inni zatrudnieni na Cesarskim Uniwersytecie Polacy – wraz z rosyjskim personelem ewakuował się do Rostowa nad Donem. Wziął aktywny udział w wywiezieniu części zbiorów Gabinetu Zootomicznego w obawie przed zagarnięciem ich w Warszawie przez zbliżających się okupantów. W Rostowie pracował dalej na uniwersytecie mieniącym się kontynuacją Cesarskiego Warszawskiego Uniwersytetu (dopiero w 1917 roku przyjął on nazwę Donskoj Universitet). Tam w 1917 roku habilitował się i w następnym roku otrzymał stopień doktora zoologii. W Zakładzie Anatomii Porównawczej tego uniwersytetu był docentem i jego kierownikiem (od 1918) po emerytowanym Mitrofanowie, w roku 1920 został mianowany profesorem nadzwyczajnym.

Do Polski powrócił w roku 1922 i rozpoczął pracę w istniejącym już w Warszawie (od 1918 roku) Instytucie Biologicznym im. Marcelego Nenckiego przy Towarzystwie Naukowym Warszawskim. W latach 1922–1925 obejmował tu kierownictwo nowego, zorganizowanego przez siebie Zakładu Embriologii Eksperymentalnej. Związał się też ponownie z Uniwersytetem Warszawskim. W roku 1923 został mianowany przez Prezydenta RP profesorem zwyczajnym na katedrze biologii i kierował od tegoż roku Zakładem Biologii na Wydziale Lekarskim UW. Wykładał tu embriologię, a podobne zajęcia specjalne z embriologii (pokazy preparatów embriologicznych) prowadził na utworzonym w roku 1927 Wydziale Weterynaryjnym. Jego asystentem był tu krótko Stanisław Bilewicz, po wojnie profesor embriologii UW.

Od października 1930 roku przeszedł w stan spoczynku. Ostatnie lata przeżył samotnie i w zapomnieniu. Zmarł w Warszawie 17 października 1937 roku.

Profesor Józef Ejsmond nie był postacią popularną na Uniwersytecie Warszawskim. Pamiętano mu z czasów panowania Rosjan w Warszawie zbyt ścisłe z nimi związki, posądzano o brak patriotyzmu. Nie przyłączył się do kolegów w czasie strajku szkolnego w 1905 roku. Nie skorzystał z okazji włączenia się w budowę polskiego szkolnictwa wyższego w 1915 roku, gdy Rosjanie opuszczali Warszawę, co zrobili wszyscy, zresztą nieliczni, Polacy pracujący jeszcze naukowo na Cesarskim Uniwersytecie, z zapałem podejmując tu budowę polskich instytucji naukowych. Mimo że był świetnym wykładowcą z dużym, wartościowym dorobkiem naukowym, pozostawał typem naukowca samotnika. Na Uniwersytecie miał niewielu uczniów, a w kierowanym przez siebie Zakładzie Biologii nie rozwinął szerszej działalności, co prawdopodobnie było jednym z powodów wcześniejszego odejścia na emeryturę. W powojennym okresie nie prowadził, jak się wydaje, własnych badań, a jego jedyną publikacją z tego okresu była drobna notatka (w „Gazecie Lekarskiej”, 1925) o przypadku zrastania się zarodków szkarłupni Asterias glacialis, oparta na materiale pochodzącym jeszcze z czasów pracy na Cesarskim Uniwersytecie.

Dorobek naukowy Józefa Ejsmonda obejmuje około 50 publikacji, ogłoszonych w większości w języku rosyjskim, ich jedyny wykaz (niekompletny, i tylko z niemieckim tłumaczeniem tytułów prac opublikowanych w języku rosyjskim) dał jego były student na Cesarskim Uniwersytecie, Mieczysław Konopacki („Folia Morphologica” 1938).

Najważniejsze w dorobku naukowym Ejsmonda wydają się jego wczesne prace (w liczbie trzynastu) z zakresu protozoologii (ówcześnie zwanej infuzjologią), a więc nauki o pierwotniakach, publikowane w większości w rosyjskojęzycznych wydawnictwach Cesarskiego Uniwersytetu. August Wrześniowski, u którego zaczynał specjalizację, jeden z ostatnich profesorów-Polaków na rusyfikowanym Cesarskim Uniwersytecie, był dużej klasy uczonym, o znanym w świecie dorobku z zakresu „wymoczków” (Infusoria), pierwotniaków zwanych obecnie orzęskami, a także skorupiaków obunogich (Amphipoda). Pod jego kierunkiem Ejsmond podjął studia nad pierwotniakami pasożytującymi na ciele kiełży (Gammarus pulex) pochodzących z najbliższych okolic Warszawy. Rozprawa kandydacka Ejsmonda, opublikowana w roku 1890 pod tytułem Infuzorii živuščija na rakoobraznych’ roda Gammarus (iz’ okrestnostej g. Varšavy) w uniwersyteckim periodyku „Varšavskija Universitetskija Izvestija”, przygotowana była formalnie pod kierunkiem profesora Mitrofanowa, niewątpliwie jednak nad jej wykonaniem czuwał przede wszystkim Wrześniowski. Ejsmond opracował nową prostą metodę przyhamowania ruchów swobodnie żyjących orzęsków utrudniających obserwacje mikroskopowe. Badał budowę perystomu u obserwowanych na kiełżach wirczyków (Vorticellina), opisał mechanizm pobierania pokarmu (wysysania) u sysydlaczków (Suctoria), m.in. u Dendrocometes paradoxus, obszerne, wręcz drobiazgowe, rozważania poświęcił morfologii, szczegółom budowy protoplazmy i organizacji komórki badanych organizmów, opisał dwa nowe dla nauki gatunki, wirczyka Epistylis rhabdostyla i sysydlaczka Rhyncheta gammari. Obszerną rozprawę (121 stron formatu A4!) Studya nad pierwotniakami okolic Warszawy, uzupełnianą w pracowni Mitrofanowa, z tablicami pięknych rycin (niestety, tekst jest tylko w języku polskim) umieścił w „Pamiętniku Fizyograficznym” (t. XIII, 1895). Ta publikacja stanowi zamknięcie jego studiów protistologicznych. Badania Ejsmonda spotkały się z uznaniem współczesnych, mimo że za granicą znane były głównie ze skróconych tekstów publikowanych w niemieckich periodykach „Zoologischer Anzeiger” i „Biologisches Centralblatt”.

Wkrótce jednak, pracując dalej pod kierunkiem Mitrofanowa, porzucił protozoologię, zmieniając problematykę badawczą. I tu większość swojego dorobku naukowego publikował w języku rosyjskim, ogłaszając jednak na Zachodzie wstępne doniesienia i teksty referatów wygłaszanych na kongresach. Mitrofanow zainteresował go cytologią i embriologią, zwłaszcza embriologią doświadczalną jeżowców i ryb. Cenne były jego badania nad współzależnością między blastomerami rozwijającego się jaja jeżowców, nad procesami gastrulacji i stosunkami między listkami zarodkowymi, następnie poznanie mechanizmu podziału komórkowego i roli wrzeciona mitotycznego i centrosomów, wreszcie studia nad regeneracją i regulacją zarodków ryb spodoustych (Elasmobranchia). W pracy o cytotropizmie niezapłodnionych jaj jeżowca (1910) wykazał po raz pierwszy istnienie mostków protoplazmatycznych w dzielących się blastomerach, analogicznych do podobnych utworów w komórkach nabłonkowych. Materiał badawczy do prac nad rozwojem morskich zwierząt gromadził w czasie wyjazdów zagranicznych i pracy w stacjach morskich.

Warto wspomnieć o młodzieńczej pasji Ejsmonda, którą było malarstwo. Studiował tę dziedzinę sztuki w latach 1882–1884, mając w tym kierunku wyraźne uzdolnienia. Otrzymane umiejętności wykorzystywał rysując i malując sceny rodzajowe, batalistyczne i pejzaże. Liczne jego ilustracje zamieszczały przez ponad dwadzieścia lat znane warszawskie czasopisma, „Tygodnik Illustrowany”, „Tygodnik Powszechny”, „Biesiada Literacka”, „Wędrowiec” i „Kłosy”, wystawiał także swoje obrazy w Towarzystwie Zachęty Sztuk Pięknych w Warszawie.