Zbrodnicze działania niemieckiego okupanta przerwały przedwcześnie życie jednego z najbardziej utalentowanych polskich uczonych, o dużym i znanym w świecie dorobku z zakresu zoologii eksperymentalnej. Jego naukowa aktywność koncentrowała się przez długi czas w naukowych ośrodkach krakowskim i puławskim, z Uniwersytetem Warszawskim był jednak związany przez cały okres międzywojenny, prowadząc tam wykłady, a przez siedem lat poprzedzających wybuch wojny jako profesor zwyczajny kierował zakładem na Wydziale Lekarskim.

Stefan Witysław Kopeć urodził się 22 stycznia 1888 roku w Warszawie. Jego ojciec, Tadeusz, był lekarzem. Stefan ukończył tu w roku 1906 prywatne gimnazjum gen. Pawła Chrzanowskiego. W latach 1906–1911 studiował na Uniwersytecie Jagiellońskim, specjalizując się w zakresie zoologii u profesora Tadeusza Garbowskiego, uczonego o szerokim zakresie zainteresowań przyrodniczych i filozoficznych. Garbowski miał duży dorobek z zakresu systematyki niektórych grup bezkręgowców, anatomii i filogenezy zwierząt oraz filozofii przyrody; w okresie studiowania w Krakowie Stefana Kopcia kierował na Wydziale Filozoficznym UJ samodzielną pracownią zoologiczną. Kopeć korzystał także z wiedzy profesora Michała Siedleckiego, wykładającego na UJ biologię ogólną i fizjologię zwierząt domowych, a specjalizującego się wówczas w zakresie cytologii i protozoologii. Po ukończeniu studiów Stefan Kopeć związał się z Uniwersytetem Jagiellońskim, pracując w latach 1911–1917 jako asystent w Zakładzie Biologii i Embriologii Wydziału Lekarskiego UJ kierowanym przez Emila Godlewskiego jun. Doktorat filozofii uzyskał w roku 1912 na podstawie rozprawy Badania doświadczalne nad przeobrażeniem owadów (ogłoszona została drukiem w wersji anglojęzycznej pod tytułem Experiments on metamorphosis of insects w 1917 roku). W roku 1914 przebywał na Uniwersytecie Karola w Pradze w pracowni znanego cytologa Franciszka Vejdovský’ego, badając rolę pęcherza pławnego i rozwój zabarwienia godowego u ryb. Habilitację na podstawie rozprawy Gruczoł płciowy jako organ o wydzielaniu wewnętrznym uzyskał w roku 1917, po czym jeszcze przez rok pracował w zakładzie Godlewskiego jako docent, prowadząc wykłady z embriologii szczegółowej zwierząt bezkręgowych.

W roku 1918 Kopeć skorzystał z propozycji pracy w nowo powstającym w Puławach Państwowym Instytucie Naukowym Gospodarstwa Wiejskiego, którą przedstawił mu Leon Marchlewski (wówczas profesor chemii lekarskiej UJ, a jednocześnie organizator nowego instytutu). Przeniósł się do Puław i pracował tam czternaście lat, kierując do 1932 roku Oddziałem Zoologicznym, zajmując stanowisko kierownika organizowanego przez siebie od podstaw Działu Genetyki Zwierząt (1918–1921), potem Działu Morfologii Doświadczalnej (1921–1932). Kierował także całym Instytutem w latach 1928–1930. W roku 1927 uzyskał stypendium Fundacji Rockefellerowskiej na wyjazd do Wielkiej Brytanii, gdzie pracował u Francisa A. E. Crewa, genetyka zwierząt na Uniwersytecie w Edynburgu, oraz u specjalisty w zakresie fizjologii zwierząt Johna Hammonda na Uniwersytecie Cambridge.

Redagował wydawane przez Instytut w Puławach czasopismo „Pamiętnik Państwowego Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego”. Opracował i wydał w roku 1930 (wraz z Józefem Borowikiem, wówczas kierownikiem Działu Ekonomiki i Organizacji Rybactwa w Bydgoszczy) cenną dla historyków pozycję Bibliografia puławska (1918–1927).

Później Stefan Kopeć przeniósł się na stałe do Warszawy. Już wcześniej, od 1920 roku, był docentem biologii na Wydziale Filozoficznym UW (przeniósł tu habilitację z UJ), prowadząc do 1932 roku wykłady z różnych zagadnień fizjologii zwierząt, takie jak mechanika rozwoju, wydzielanie wewnętrzne, fizjologia płci i rozrodu oraz zagadnienia długości życia i odmładzania ustrojów. Od roku akademickiego 1932/1933 wykładał biologię ogólną dla studiujących biologię na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym. W roku 1932 otrzymał tytuł profesora zwyczajnego i objął na Uniwersytecie Warszawskim katedrę biologii na Wydziale Lekarskim UW. Kierował do końca życia przynależnym jej Zakładem Biologii, organizując tu nowoczesną placówkę biologii doświadczalnej i prowadząc jednocześnie dla lekarzy wykłady z biologii i genetyki ogólnej.

Był od 1930 roku członkiem zwyczajnym Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, od 1928 członkiem korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności i od 1938 członkiem zwyczajnym Towarzystwa Naukowego Polsko-Włoskiego, a także naukowych towarzystw zagranicznych: American Association for the Advancement of Science, Sociedad Chilena de Historia Natural i Latvias Biologijas Biedriba w Rydze.

W czasie okupacji niemieckiej Kopeć podjął się nauczania na podziemnym Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Warszawskiego i rozpoczął tam wykłady. Uczestniczył też w organizowaniu zajęć dla studentów nowo wstępujących, które odbywały się w ramach jawnej szkoły dla pomocniczego personelu sanitarnego firmowanej przez docenta Jana Zaorskiego. Szkoła ta rozpoczęła swoją działalność w marcu 1941 roku. Kopeć został mianowany jej dyrektorem naukowym, przed jej otwarciem został jednak aresztowany. Zginął rozstrzelany wraz z synem przez Niemców w masowej egzekucji w podwarszawskich Palmirach 11 marca 1941 roku.

W cennym dorobku naukowym Stefana Kopcia wyróżniają się jego badania doświadczalne nad rozwojem owadów, prowadzone w pracowniach Uniwersytetu Jagiellońskiego, ale także, chociaż już mniej intensywnie, podczas jego pracy w Instytucie Puławskim. W pierwszej pracy naukowej, wykonanej jeszcze na drugim roku studiów u Garbowskiego, a także i w późniejszych (Experimental Untersuchungen über die Entwicklung der Geschlechtscharaktere bei Schmetterlingen, 1908; Nochmals über die Unabhängigkeit der Ausbildung sekundärer Geschlechtscharaktere von den Gonade bei Lepidopteren, 1913), wykazał, że u motyli wytwarzanie się drugorzędnych cech płciowych zachodzi niezależnie od obecności gonad. Badając funkcje układu nerwowego owadów w różnych stadiach metamorfozy, stwierdził wpływ głowowych węzłów nerwowych na przeobrażenie gąsienic: odkrył rolę zwoju nadprzełykowego jako gruczołu wydzielania wewnętrznego, mającego decydujące znaczenie w procesie metamorfozy owadów (cytowana wyżej rozprawa doktorska). Jego prace nad funkcją gruczołów wydzielania wewnętrznego w przeobrażeniu owadów zapoczątkowały światowy rozwój endokrynologii owadów, Stefan Kopeć jest więc pionierem tego typu badań. Pionierskie także były jego badania nad budową i funkcjonowaniem systemu nerwowego u owadów, oraz nad regeneracją i innymi skutkami transplantacji i kastracji u motyli.

Kierowany przez Stefana Kopcia Państwowy Instytut Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach stał się najważniejszym w Polsce ośrodkiem naukowym w zakresie zoologii doświadczalnej i hodowli zwierząt. Badania naukowe tego uczonego miały w tym okresie nieco inny niż poprzednio charakter, bardziej praktyczny, dotyczyły ważnych dla hodowli zagadnień genetyki i morfogenetyki zwierząt, w tym zagadnień wzrostu, długości życia i możliwości odmładzania. W tym okresie (trwającym 14 lat) Kopeć ogłosił 55 publikacji. Badał m.in. czynniki dziedziczenia barwy jaj i dziedziczenie kształtu ciała u kur oraz wpływ przerywanego głodzenia na długość życia i rozwój różnych zwierząt (Drosophila, kijanki, króliki i myszy). Serię publikacji poświęcił morfogenetycznej wartości ciężaru noworodków myszy dla ich dalszego rozwoju. Współpracował z praktycznymi hodowcami celem wytworzenia nowych, polskich ras zwierząt domowych, a także propagował w tym środowisku najnowsze osiągnięcia naukowe swojej specjalności, wygłaszając odczyty i wykłady z zakresu genetyki i biologii ogólnej w Towarzystwie Rolniczym Lubelskim i Towarzystwie Rolniczym Zamojskim.

W ostatnim okresie życia, pracując na Uniwersytecie Warszawskim, ogłosił drukiem szereg prac referujących wyniki prowadzonych jeszcze w Puławach doświadczeń nad zmiennością ciała myszy. Rozpoczętych tu nowych tematów badawczych nie dane mu było ukończyć z powodu kataklizmu wojny i tragicznej śmierci w wieku 53 lat.