Antoni Kostanecki urodził się 9 stycznia 1866 roku w Myszakowie (obecnie powiat słupecki, woj. wielkopolskie). Ojciec Jan Nepomucen był właścicielem ziemskim, matka Michalina pochodziła z rodziny Dobrowolskich. Żona Antoniego, Anna, wywodziła się z rodziny Geyerów, fabrykantów łódzkich. Antoni miał dwoje dzieci: syna Wojciecha (był twórcą polskiej trychologii) i córkę Zofię (była znaną tłumaczką języka włoskiego). Rodzina Kostaneckich wydała kilku wybitnych uczonych, w tym starszych braci Antoniego – Stanisława i Kazimierza. Stanisław był wybitnym profesorem chemii związanym z uczelniami niemieckimi i szwajcarskimi, Kazimierz – profesorem medycyny, początkowo pracującym na uczelniach niemieckich, od lat 90. XIX wieku na Uniwersytecie Jagiellońskim.

Antoni Kostanecki kształcił się w gimnazjum realnym w Poznaniu, które ukończył w 1884 roku. Kolejny etap jego edukacji stanowiły studia wyższe na uniwersytecie w Berlinie, które podjął w tym samym roku 1884. W 1889 roku uzyskał stopień doktora filozofii na podstawie pracy historyczno-ekonomicznej Der öffentliche Kredit im Mittelalter (Berlin 1889). W Berlinie przez ponad dwa lata pracował jako antykwariusz w Internationale Bank, następnie przeniósł się do Westfalii i osiadł w Elberfeld, gdzie kierował biurem ds. statystycznych w Farbenfabriken vormals Friedrich Bayer et Companion. W 1901 roku objął stanowisko profesora ekonomii i skarbowości na uniwersytecie we Fryburgu (Szwajcaria). Przebywał tam do kwietnia 1910 roku.

W okresie berlińsko-fryburskim Kostanecki opublikował pierwsze swoje prace naukowe. I tak Das Aktienindossament (Berlin 1900) i Der Lagerschein als Traditionspapier (Berlin 1902) dotyczyły prawa handlowego, kolejne rozprawy odnosiły się zaś do kwestii mieszczących się w szeroko rozumianej ekonomii społecznej. Były to Der wirtschaftliche Werth vom Standpunkt der geschichtlichen Forschung: Versuch einer Morphologie des wirtschaftlichen Werthes (Berlin 1900), Das eherne Lohngesetz Lasalles und die sozialpolitischen Ansichten Ricardos (Berlin-Basel 1904), Arbeit und Armut: ein Beitrag zur Entwicklungsgeschichte sozialer Ideen (Fryburg Bryzgowijski 1909), Dantes Philosophie des Eigentums (Berlin-Lipsk 1912). W pierwszej z nich Kostanecki poddał analizie teorię wartości z punktu widzenia badań historyczno-gospodarczych i instytucjonalno-prawnych, w kolejnych odnosił się do interpretacji i ujmowania prawa wartości od strony popytowo-podażowej oraz z perspektywy ujęć subiektywnych proponowanych przez szkołę neoklasyczną. Przedostatnia z wymienionych prac odnosiła się do aspektów ekonomicznych, historycznych i prawno-socjologicznych opisujących problem czynników kształtowania poziomu płac, ostatnia – do filozofii własności Dantego.

W 1910 roku Kostanecki przeniósł się do Lwowa, by objąć katedrę ekonomii w Szkole Politechnicznej. Po nominacji na stanowisko profesora zwyczajnego prowadził zajęcia z ekonomii społecznej, socjologii i statystyki. Z uczelnią politechniczną był związany do 1914 roku, po czym przeniósł się do Uniwersytetu Jagiellońskiego. Uzyskanie formalnej nominacji na stanowisko profesora zwyczajnego ekonomii przerwał wybuch wojny (nominację otrzymał w sierpniu 1916 roku). W okresie „lwowskim” Kostanecki opublikował pracę Boska i Nieboska komedya. Ich myśli społeczne1, 1912), w której nawiązywał do wydanej kilka lat wcześniej niemieckojęzycznej publikacji o filozofii własności Dantego.

Związek Kostaneckiego z UJ był krótki, bowiem już w listopadzie 1915 roku został poproszony o objęcie zajęć z ekonomii na Wydziale Prawa i Nauk Państwowych (od 1918 roku Wydział Prawa i Nauk Politycznych) w nowo otwartym Uniwersytecie Warszawskim. Formalnie przez pierwszy rok zajęć miał status urlopowanego profesora Szkoły Politechnicznej, a od semestru zimowego 1916 roku – profesora UJ.

W 1915 roku Kostanecki objął seminarium ekonomii politycznej, rok później – zgodnie ze zmienionymi przepisami nakazującymi wskazanie kierujących seminariami – został jego kierownikiem (seminarium przypominało jednostkę organizacyjną w postaci zakładu). W kwietniu 1919 roku – po zmianie przepisów znoszących „urząd wykładających” i wprowadzających stanowiska profesorów (zwyczajnych, nadzwyczajnych i honorowych) – Kostanecki otrzymał nominację na profesora zwyczajnego UW. Wtedy też formalnie zrezygnował z kierowania katedrą w UJ i objął katedrę w UW (od 1920 roku profesorowie kierowali zakładami związanymi z ich katedrą). W 1922 roku, kiedy utworzono II katedrę ekonomii (którą powierzono prof. Tadeuszowi Brzeskiemu), seminarium ekonomiczne miało dwóch kierowników: Kostaneckiego i Brzeskiego. Kostanecki prowadził zajęcia z ekonomii społecznej teoretycznej, historii teorii ekonomicznych, ekonomii społecznej i politycznej oraz polityki przemysłowej i socjalnej. Dodatkowo kierował seminarium dla doktorantów, na którym zapoznawał ich przede wszystkim z poglądami niemieckich ekonomistów z młodszej szkoły historycznej.

Antoni Kostanecki odgrywał też istotne role w administracji uniwersyteckiej. W latach 1915–1917 był przedstawicielem wydziału w Senacie UW. W roku akademickim 1917/1918 objął stanowisko rektora (po wycofaniu się z powodu złego stanu zdrowia prof. Brudzińskiego), funkcję tę sprawował także w następnym roku, a w roku akademickim 1919/1920 był prorektorem.

Z Uniwersytetem Warszawskim Kostanecki pozostał związany do końca swojej kariery. W 1934 roku obchodził jubileusz 20-lecia pracy na UW, w październiku 1935 roku przeszedł w stan spoczynku i został mianowany profesorem honorowym, nadal prowadząc zajęcia. Przez cały okres kariery uczelnianej aktywnie działał też w organizacjach naukowych: był członkiem Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, prezesem Towarzystwa Ekonomistów i Statystyków Polskich i członkiem honorowym Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Poznaniu. W latach 1917–1920 był ponadto członkiem Rady Stanu.

Wybuch II wojny światowej zastał go w Warszawie. Boleśnie odczuł śmierć brata Kazimierza, profesora UJ, aresztowanego przez Niemców w 1939 roku i zmarłego w obozie w Sachsenhausen w styczniu roku następnego. Antoni Kostanecki zmarł 4 stycznia 1941 roku w Zielonej Dąbrowie koło Radomia.

Antoniego Kostaneckiego uważa się za przedstawiciela historyzmu w polskiej ekonomii. Nurt ten – opozycyjny wobec anglosaskiej ekonomii klasycznej i neoklasycznej – narodził się w Niemczech w latach 40. XIX wieku. W drugiej połowie tego wieku ewoluował w kierunku tzw. młodszej szkoły historycznej. Kostanecki zetknął się z nią podczas studiów berlińskich, gdzie katedrą ekonomii kierował prof. Gustav Schmoller. W latach późniejszych utrzymywał kontakty z Wernerem Sombartem.

Najpoważniejsze prace o charakterze ekonomicznym wydał w latach 20. XX wieku. Początkowo były to podręczniki dla studentów: Ekonomja społeczno-teoretyczna (Warszawa 1923), Polityka przemysłowa i socjalna (Warszawa 1925), Historia socjalizmu (Warszawa 1926), Ekonomja społeczna praktyczna (Warszawa 1927), Historia teoryj ekonomicznych (Warszawa 1923, 1927, 1931), Polityka przemysłowa i socjalna oraz Historja socjalizmu (Warszawa 1928); Ekonomja społeczna, teoretyczna i praktyczna (Warszawa 1931); Polityka ekonomiczna: A. Polityka przemysłowa, B. Polityka socjalna oraz historja socjalizmu (Warszawa 1931).

Za najważniejsze dzieło Kostaneckiego uważana jest praca Problem ekonomji. Myśl gospodarcza a myśl kulturalna (Warszawa 1929). Jej przedmiotem była ewolucja wzajemnego oddziaływania na przestrzeni epok myśli kulturalnej i myśli gospodarczej w kontekście aspektów indywidualistycznych oraz społecznych. Kostanecki dowodził, że w epokach dawnych dominację zyskiwał czynnik kulturowy, w czasach nowożytnych miała miejsce równowaga znaczenia myśli kulturalnej i gospodarczej (merkantylizm), począwszy zaś od XIX wieku przewagę zdobywać zaczęła myśl gospodarcza.

W swoich pracach Kostanecki wskazywał na konieczność uwzględniania w przedmiocie badań problemów ekonomicznych ich strony społecznej, sprzeciwiał się ich izolowaniu oraz pomijaniu w badaniach ekonomicznych wyników badań socjologicznych.

Jeśli idzie o przedmiot ekonomii uważał, że można go podzielić na część teoretyczną, której przedmiotem są obiektywne prawa rządzące gospodarką, oraz praktyczną, dotyczącą polityki ekonomicznej. W tej ostatniej państwa dysponowały trzema rodzajami środków. Pierwszą grupę stanowiły narzędzia oddziaływania bezpośredniego w postaci przedsiębiorstw państwowych i monopoli państwowych, polityki handlowej (cła, premie eksportowe) oraz wszelakich ulg i przywilejów. W drugiej grupie narzędzi oddziaływania pośredniego wyróżniał instrumenty prawne, jak prawo patentowe, licencje, ochrona marek. Trzecia grupa obejmowała działania o charakterze ogólnym, jak rozbudowa infrastruktury czy szkolnictwo przemysłowe. Wskazywał na rosnącą rolę współczesnego państwa w procesach rozwoju gospodarczego, postulował jego aktywność w zakresie redystrybucji dochodu i rozwiązywania problemów socjalnych. Te ostatnie łączył z potrzebą ochrony prawnej robotników, działalności związków zawodowych i wprowadzenia rozbudowy ubezpieczeń socjalnych. Postulował większą aktywność państwa w zakresie struktury regionalnej polskiej gospodarki i zmniejszenia różnic w poziomie uprzemysłowienia pozaborowych dzielnic.

Kostanecki badał zmiany społeczno-gospodarcze w krajach europejskich w długiej perspektywie historycznej, w kontekście zmieniających się form porządku kulturalnego i ustroju politycznego. Podobnie jak inni przedstawiciele tzw. ekonomii społecznej, zwracał uwagę na indywidualne i społeczne motywy ludzkiej działalności w sferze ekonomicznej – te pierwsze miały być podporządkowywane tym drugim. Dzięki dominacji motywów społecznych miało być ograniczone współwystępowanie pierwiastka indywidualnego i socjalnego we wszystkich dziedzinach życia społecznego, a efektem tego eliminacja jednostronności systemów ustrojowych rodzących konflikty klasowe. Harmonizacja relacji obu pierwiastków miała dokonać się poprzez włączenie życia gospodarczego i motywów ekonomicznych w szeroko rozumiane życie społeczno-kulturowe, które miało je wzbogacić wartościami humanistycznymi. Uważał, że za sprawą rozwoju wiedzy o społeczeństwie mogą być rozwiązane problemy i wyzwania epoki. Tworzył własną filozofię ekonomii, gdzie procesy rozwoju myśli gospodarczej łączył z elementem społecznym i psychologicznym.

Dość interesująco Kostanecki podchodził do problemu wartości. Jeśli idzie o prawo wartości starał się łączyć stanowisko ekonomii klasycznej (kosztowe) z rozwijanym od drugiej połowy XIX wieku stanowiskiem szkoły austriackiej i neoklasycznej (subiektywizm). Pisał, że podstawą wyznaczania wartości są oceny subiektywne wynikające z preferencji i gradacji potrzeb oraz oceny obiektywne oparte na składnikach kosztowych (kosztów produkcji). Opracował oryginalną koncepcję tzw. morfologii wartości gospodarczej, powiązaną po części z metodą spekulatywną, gdzie wskazywał, że o istocie wartości informowała m.in. ewolucja różnorakich instytucji i norm prawnych.

Antoni Kostanecki był, obok Stanisława Grabskiego, jednym z najwybitniejszych przedstawicieli ekonomii społecznej i historyzmu ekonomicznego. Uważał za niemożliwe i niewłaściwe oddzielanie w badaniach ekonomicznych indywidualnych motywów działania od motywów społecznych, podobnie jak wyłączanie motywów gospodarczych z całokształtu życia społeczno-kulturalnego. Inaczej mówiąc, stał na stanowisku, że zagadnienia społeczne powinny znaleźć swoje miejsce w ramach teorii ekonomii.