Nauce był oddany bez reszty i bez warunków. W roku 1939 pięćdziesięcioletni Stanisław Lencewicz miał w dorobku 195 publikacji. Jego zainteresowania naukowe były bardzo szerokie. Podejmował prace z dziedziny geomorfologii, hydrografii, antropogeografii, geografii wojskowej, kartografii, historii geografii. Szerokiemu zakresowi badań towarzyszyła dążność do syntezy wyników, która zaowocowała opracowaniem dwóch wybitnych podręczników geografii regionalnej Polski. Wydany w 1922 roku Kurs geografii Polski przez 15 lat był jedynym polskim podręcznikiem geografii na poziomie akademickim. W 1937 roku ukazała się Polska. Dzieło to, oparte zarówno na literaturze, jak i badaniach własnych, zawierało najnowszy stan wiedzy o poszczególnych regionach i komponentach środowiska. Podczas wojny nielegalne tłumaczenie książki służyło Niemcom jako druk tajny do celów wojskowych, natomiast na użytek Polaków podręcznik był zakazany, a jego nakład w dużej części zniszczono.

Do najważniejszych prac geomorfologicznych Lencewicza należą Wydmy śródlądowe Polski (1922) oraz Dyluwium i morfologia środkowego Powiśla (1927). W pierwszej z nich przedstawił mechanizm powstawania wydm jako form zależnych jedynie od obecności odpowiedniego materiału i czynnika modelującego. W drugiej w nowatorski sposób zastosował metodę morfologiczną, wykorzystywaną wcześniej wyłącznie w badaniach górskich. Omówił także genezę iłów wstęgowych okolic Warszawy, przedstawił wpływ młodych ruchów epejrogenicznych na rozwój sieci rzecznej oraz wysunął ideę „wielkiej oscylacji”, utożsamionej później ze zlodowaceniem (stadiałem) bałtyckim.

Od początku lat 20. Lencewicz prowadził szeroko zakrojone badania jezior. Obejmowały one wykonanie zdjęć batymetrycznych, zbieranie danych na temat profili termicznych wody, osadów dennych, obiegu wody i in. Szczególnie cenne wyniki uzyskał na Polesiu, gdzie kierowany przez niego zespół od 1928 roku prowadził studia w ramach projektu melioracji bagien (np. Międzyrzecze Bugu i Prypeci; wody płynące i jeziora – 1931, Kilka większych jezior północnego Polesia – 1937).

Znamienną cechą warsztatu naukowego Stanisława Lencewicza była dbałość o opieranie wnioskowań na danych najnowszych, pozyskanych bezpośrednio w terenie. Geografów, którzy tego nie czynili, uważał za „gabinetowych”. Naukowe obserwacje terenowe prowadził najpierw na Wyżynie Małopolskiej, w Alpach i Tatrach, a w późniejszym okresie głównie w Polsce środkowej i na Polesiu. Kontakt z naturą i otwartą przestrzenią ukochał już w dzieciństwie, kiedy to wraz z młodszym bratem, Czesławem, odbywał wycieczki za miasto. Fascynacja światem przyrody, wrażliwość na jego piękno, tajemnicę i majestat towarzyszyły mu zapewne przez całe życie, choć w dojrzałych latach skrywała je szorstkość obejścia. Jednak jako młody uczony przyznawał się do tych uczuć. „Doprawdy, dziwna hardość napełnia człowieka, gdy znajdzie się na podniebnych turniach, dokąd nie sięga zgiełk padołu ziemskiego [...], wśród czarnych ścian cyrku, roztwierających się tylko ku przepaścistemu progowi, czuje się wyższym ponad trony mocarzy, wzniesione tak nisko.” – pisał we wstępie do swojej pracy habilitacyjnej, poświęconej morfologii doliny Rechy w Alpach1.

Na studia geograficzne w Szwajcarii trafił po przezwyciężeniu wielu trudności. Urodzony 19 kwietnia 1889 roku na warszawskiej Pradze, w rodzinie kierownika warsztatów stolarskich na Dworcu Terespolskim (obecnie Wschodni), z domu wyniósł szacunek dla pracowitości i oszczędności. Matka, osoba ciepła i religijna, pragnęła, by najstarszy syn został księdzem, jednak nastoletni Stanisław porzucił ten zamiar. Był zdolnym uczniem i w przyszłości chciał studiować. Jego droga na studia okazała się jednak bardzo długa. Najpierw na przeszkodzie stanęły mu wypadki 1905 roku, kiedy to został jednym z organizatorów strajku uczniów w Gimnazjum Praskim. Krewki szesnastolatek uszkodził portret cara, zachęcił kolegów do wybicia okien i wyrzucenia przez nie klasowych mebli, na tablicy wypisał żądanie nauki ojczystego języka i polskiej szkoły. Aresztowania uniknął jedynie z powodu ciężkiej choroby – wkrótce po wypadkach w szkole zapadł na tyfus. Usunięty ze szkoły, osłabiony chorobą, lecz nieugięty w swym zamiarze, uczył się sam, w domu. Maturę zdał jako eksternista. Jednak i wówczas nadal nie mógł podjąć studiów. Przeszkodziła mu trudna sytuacja materialna rodziny. Stanisław rozpoczął więc pracę zarobkową jako nauczyciel w praskich gimnazjach. Prowadził skromne życie, oszczędzając z myślą o coraz bliższych studiach. Jednak i tym razem musiał odłożyć swoje plany. Dawny kolega z nielegalnej organizacji zadenuncjował go jako organizatora strajku szkolnego z 1905 roku. Lencewicz został aresztowany, osądzony i skazany na więzienie, w którym spędził niemal rok. Po uwolnieniu na nowo podjął pracę nauczyciela. Zaoszczędziwszy odpowiednią sumę, wyjechał na upragnione studia wyższe, najpierw do Krakowa, a stamtąd, w 1913 roku, do Lozanny, gdzie chciał studiować geografię i geologię u znanego geologa, Maurycego Lugeona.

Uniwersytet w Lozannie nie był mu jednak przychylny. Pojawiły się trudności z uznaniem świadectwa maturalnego. Lencewicz zdecydował się wówczas na podjęcie studiów na nowo otwartym uniwersytecie w Neuchâtel, u ucznia Lugeona, Emila Arganda. Urzeczywistnienie marzeń o studiach nie oznaczało jednak końca trudności. Pozbawiony wsparcia materialnego, z dala od rodziny, słabo znający francuski, dwudziestoczteroletni student musiał nie tylko nadrabiać braki i uczyć się nowych treści, ale i zarabiać na swoje utrzymanie. O tym okresie jego życia Jerzy Kondracki napisał: „rysuje się sylwetka młodzieńca wrażliwego i krytycznego, entuzjasty nauki, dążącego do pogłębienia swej wiedzy wbrew trudnościom materialnym, samotnika poszukującego przyjaźni [...]”2. Osamotniony Lencewicz chętnie spotykał się z rodakami przebywającymi w Szwajcarii. Poznał m.in. geologów: Stanisława Krajewskiego i Tadeusza Wojno, późniejszego profesora Uniwersytetu Warszawskiego. W Szwajcarii spotkał także swoją przyszłą żonę, Marię Jankowską.

Zdolny i pracowity student szybko uzyskał asystenturę u Arganda. W 1916 roku doktoryzował się na podstawie rozprawy Étude sur le Quaternaire du plateau de la Petite Pologne. Potem studiował jeszcze nauki humanistyczne i miernictwo. Wkrótce zdecydował jednak o powrocie do Polski.

Przyjazd do Warszawy rozpoczyna okres niebywale aktywnego życia zawodowego, które przerwał dopiero wybuch II wojny światowej. W latach 1916–1919 dr Lencewicz prowadził wykłady zlecone na Uniwersytecie Warszawskim, na Politechnice, w Państwowym Instytucie Pedagogicznym, na Wolnej Wszechnicy Polskiej, w wojskowej szkole topografów. Krótko (1917–1918) uczył także geografii w gimnazjum Władysława IV na Pradze. Jego późniejsi studenci (Gieysztor i Kondracki) wspominali, że wykładał zwięźle i jasno. Wywody bogato ilustrował rysunkami, które kolorowymi kredami wykonywał na tablicy podczas zajęć lub – bardziej skomplikowane – w przeddzień wykładu.

W roku 1919 Stanisław Lencewicz habilitował się we Lwowie (u profesora Eugeniusza Romera) na podstawie rozprawy Morfologia doliny Réchy w Alpach Pennińskich. W następnym roku objął stanowisko zastępcy kierownika Zakładu Geograficznego Uniwersytetu Warszawskiego. Na kierownika Zakładu powołano go w roku 1922, kiedy otrzymał profesurę nadzwyczajną. Zakładem kierował aż do wybuchu wojny.

O gabinecie Lencewicza nieznany autor napisał:

Zbudowany całkowicie od podstaw, pod koniec swego istnienia Zakład Geograficzny posiadał cenną bibliotekę, w tym dzieła ofiarowane jej przez Lencewicza. Biblioteka liczyła ponad 6500 tomów i ponad 8000 map. Bogate było także instrumentarium Zakładu; w 1939 roku obejmowało blisko 60 przyrządów z dziedziny kartografii, topografii, meteorologii i hydrografii.

W 1923 roku profesor Lencewicz ożenił się z Marią Jankowską, spokrewnioną m.in. z rodziną profesora Konstantego Janickiego, kierownika katedry zoologii na Uniwersytecie Warszawskim. Wkrótce potem zakupił dom z ogrodem w Kobyłce, w pobliżu posiadłości rodziny Nałkowskich. Dom ten stał się ulubionym miejscem pracy twórczej i wypoczynku z rodziną – żoną i synem Romanem. Lencewicz był bardzo troskliwym i kochającym ojcem. Dbał o edukację jedynaka, opracował dla niego specjalne zeszyty, w przystępny sposób omawiające zagadnienia geografii fizycznej krajów Europy.

W 1931 roku Stanisław Lencewicz uzyskał profesurę zwyczajną. Był już wówczas uczonym znanym w kraju i za granicą.

Profesor Kondracki wspomina: „Z drzwi gabinetu wyłania się wysoka, nieco pochylona postać wykładowcy: wydłużona twarz, nad wysokim czołem włosy zaczesane z przedziałkiem, przystrzyżony wąsik, na nosie binokle, ruchy nerwowe”4. Jadwiga Kobendzina zapamiętała, że „spędzał w Zakładzie całe dnie, do późnych godzin wieczornych. Schylonego nad mapami, rękopisami lub korektami można go było zastać nawet w niedziele i święta. Nauka była dla niego osią i celem życia”5.

Niezwykła energia, pracowitość i zdolności organizacyjne Lencewicza skłoniły go do zaangażowania we wszystkie przedsięwzięcia związane z geografią odrodzonej Polski. Współtworzył Polskie Towarzystwo Geograficzne, aktywnie działał w jego zarządzie, a w późniejszym czasie także na stanowisku przewodniczącego Oddziału Warszawskiego. Od 1923 roku redagował „Przegląd Geograficzny”. Sam gromadził artykuły, wykonywał korektę językową, dbał o stronę techniczną pisma.

Wziął udział w zorganizowaniu Wojskowego Instytutu Geograficznego, z którym w późniejszych latach współpracował. Wysuwał nowe koncepcje opracowania map topograficznych i mapy hydrograficznej Polski. Odegrał ważną rolę w zainicjowaniu polskiego udziału w opracowaniu Międzynarodowej Mapy Świata.

Był członkiem wielu krajowych i zagranicznych organizacji naukowych, w tym Towarzystwa Naukowego w Warszawie i Komisji Geograficznej PAU, członkiem honorowym Czechosłowackiego Towarzystwa Naukowego w Pradze, członkiem korespondentem Towarzystwa Geograficznego w Meksyku i Belgradzie.

Dbał o stały i ścisły kontakt z nauką światową. Współpracował w Międzynarodowej Bibliografii Geograficznej, będąc polskim redaktorem „Bibliographie géographique” wydawanej w Paryżu. Wyniki swoich prac ogłaszał w formie referatów lub udziału w dyskusjach podczas międzynarodowych kongresów geograficznych (w Kairze, Cambridge, Paryżu, Warszawie i Amsterdamie), kongresów geografów słowiańskich (w Czechosłowacji, Polsce, Jugosławii i Bułgarii), kongresów międzynarodowej asocjacji do badania czwartorzędu (INQUA) w Danii, Związku Sowieckim i Austrii, konferencji hydrologicznych państw bałtyckich, kongresów geologicznych i in. Z pobytów za granicą przywoził nowe materiały, które wykorzystywał w swoich pracach (np. monografia Majorki), pisał także sprawozdania. W Zakładzie Geograficznym każdego roku gościł kilku geografów zagranicznych. Wśród bliskich przyjaciół Lencewicza byli profesorowie Allix – kolega ze studiów, późniejszy rektor uniwersytetu w Lyonie, Johnson – geomorfolog amerykański, Tanner – geograf z Finlandii, Martonne’owie z Francji i inni znani uczeni owych czasów. Jak pisze Irena Gieysztorowa, „największym osiągnięciem Lencewicza było to, że w kierowanym przez siebie zakładzie stwarzał atmosferę naukową na najwyższym światowym poziomie. Wynikała ona w dużej mierze stąd, że Lencewicz nigdy niczego nie podejmował dla osobistych korzyści. Wszelka koniunktura była obca jego psychice. Był bezinteresowny. Ideałem, do którego dążył przez całe życie, była twórczość naukowa”6.

Zapracowany i zapewne często przepracowany, przez wiele lat cierpiał na bezsenność. Drażliwość w połączeniu z wybuchowym temperamentem sprawiała, że jego gniewu i szorstkości obawiali się zarówno studenci, jak i współpracownicy. Na początku lat 30. grupa zbuntowanych przeciw niemu studentów opuściła Zakład i dokończyła studia na Uniwersytecie Jagiellońskim. Nieprzystępny na terenie Zakładu, podczas zajęć terenowych Lencewicz był swobodny i wesoły, skory do pogawędek i wspólnego śpiewania. Edukację terenową cenił bardzo wysoko. Kierowany przez niego Zakład zorganizował aż 65 wycieczek naukowo-dydaktycznych, w tym jedną za granicę (do Jugosławii).

Choć surowy i despotyczny, profesor Lencewicz otaczał opieką studentów zainteresowanych badaniami naukowymi. Jadwiga Kobendzina wspomina, że zabierał ich ze sobą „na ciekawe posiedzenia Państwowego Instytutu Geologicznego, skłaniał do pisania sprawozdań z wycieczek naukowych lub notatek, które zamieszczał następnie w redagowanym przez siebie «Przeglądzie Geograficznym». Bardziej zaawansowanych wciągał do współpracy nad pasjonującymi go zagadnieniami”7.

Profesor Lencewicz wypromował 8 doktorów (Stanisław Gorzuchowski, Romuald Gumiński, Jadwiga Kobendzina, Jerzy Kondracki, Stanisław Pietkiewicz, Marek Prószyński, Edward Rühle, Bogdan Zaborski), 4 osoby zdały u niego egzamin doktorski z geografii jako przedmiotu pobocznego (Zofia Kaczorowska, Roman Kobendza, Stefan Zbigniew Różycki, Tadeusz Żebrowski), dwóch doktorów uzyskało habilitację przed rokiem 1939 (Stanisław Pietkiewicz, Bogdan Zaborski), wielu uczniów doktoryzowało się po wojnie. Imponująco duży jest odsetek uczniów Lencewicza, którzy zostali samodzielnymi pracownikami nauki. Wynosi ponad 70%.

Za swą działalność profesor Stanisław Lencewicz otrzymał liczne odznaczenia, m.in. Krzyż Oficerski Odrodzenia Polski, Krzyż Niepodległości z Mieczami, odznakę honorową Oficerskiej Szkoły Topografów, komandorię Orderu św. Sawy.

Po wybuchu wojny razem ze współpracownikami próbował uratować książki i przyrządy naukowe Zakładu, jednak zamiar nie w pełni się powiódł; część wyposażenia rozkradli nieznani sprawcy, a część przejęli Niemcy. Lencewiczowi kilka razy proponowano pracę dla Institut für Ostarbeit, jednak stanowczo odmówił. W liście do asystenta, przebywającego w oflagu Jerzego Kondrackiego, tak pisał na ten temat: „30 marca 1942 [...] Nasza pracownia już zlikwidowana. Zostały tylko duże stoły, graty i szpargały. Do dużych sal wprowadza się szkoła miejska, a w małych 3-ch pokojach złożono resztki, ale to tylko tymczasowo. Nowi właściciele proponowali mi pracę u siebie, ale nie przyjąłem. [...] Powstał spór: oni uważają, że z inwentarza za mało dostali, ja zaś, że pozabierali moje prywatne rzeczy”8.

Zmuszony ciężką sytuacją materialną, w 1940 roku Lencewicz podjął pracę urzędnika w biurze wodociągów. Podupadł na zdrowiu, często wpadał w nastrój pesymistyczny. Martwił się o przyszłość syna, młodzieży, o poziom elity intelektualnej po wojnie. Pisał do Jerzego Kondrackiego: „7 stycznia 1944 [...] Będziecie po wojnie wyciągać «na wyżyny» całkiem zmaterializowanych nieuków, jacy tu u nas rosną”9. Po śmierci wielu osób z bliskiego otoczenia, w tym brata, bratanka, matki, siostry i teściowej, nachodziły go złe przeczucia. Pisał do Jerzego Kondrackiego: „Jeżeli i ja bym do końca wojny nie doczekał, to już Pan musi się zająć tym, co po mnie zostanie”10. Mimo powrotów złego nastroju i pogarszającego się stanu zdrowia, brał aktywny udział w konspiracyjnym życiu Polskiego Towarzystwa Geograficznego, Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego i w tajnym nauczaniu (1942–1944). Pracował nad podręcznikiem geografii fizycznej ogólnej i geografii fizycznej Europy.

Powstanie Warszawskie przeżył wraz z żoną na Starówce, w domu profesorskim przy Brzozowej. Jego mieszkanie, księgozbiór i wszystkie pamiątki spłonęły. Po upadku dzielnicy 1 września 1944 roku mieszkańców wypędzono. Kolumnę eskortowali SS-mani z formacji wschodnich, dokonujący grabieży, brutalni i okrutni. Po raz ostatni Stanisława Lencewicza i jego małżonkę widziano po południu, kiedy to, okradzionych i poturbowanych, zapędzono ich do bramy domu na ulicy Wolskiej w pobliżu Karolkowej.

Symboliczne epitafium małżonków znajduje się na grobie rodzinnym Lencewiczów na Bródnie. W dwudziestą rocznicę śmierci Stanisława Lencewicza jego imię otrzymała jedna z auli wykładowych ówczesnego Instytutu Geograficznego Uniwersytetu Warszawskiego. Znajduje się w niej portret Lencewicza, pędzla Jana Kobera, ofiarowany przez Polskie Towarzystwo Geograficzne. Imię profesora nosi jedna z ulic na warszawskim Bemowie.