Urodził się 30 sierpnia 1853 roku w Kielcach, zmarł w Warszawie 19 lutego 1923 roku. Badał dzieje i literaturę polską XV–XVII wieku, najbardziej ceniony jako wydawca źródeł, bibliograf oraz archiwista.

Jego ojciec Franciszek był kontrolerem kasy powiatu kieleckiego. Teodor Wierzbowski uczył się w gimnazjach w Radomiu i w Kielcach. W roku 1871 zdał maturę i rozpoczął studia historyczne na Wydziale Historyczno-Filologicznym Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego, które ukończył w roku 1875. Jego profesorami byli między innymi Adolf Pawiński (znany historyk i wydawca źródeł), Wincenty Makuszew (slawista, wykładający dzieje literatur słowiańskich) i Henryk Struve (wybitny filozof). W czasach studenckich ugruntował się krytyczny stosunek Wierzbowskiego do powstania styczniowego, przekonanie o potrzebie zaniechania walki wyzwoleńczej, a konieczności politycznej ugody z Rosją, tak by na drodze lojalnej współpracy wykorzystać wszelkie możliwości rozwoju kulturalnego i ekonomicznego kraju. Poglądy młodego Wierzbowskiego kształtowały się pod wpływem wychowania domowego, częstych rozmów z wujem, Walerym Przyborowskim, oraz pod wpływem uniwersyteckich wykładowców.

W latach 1876–1881, dzięki Pawińskiemu, a pod opieką Makuszewa, jako stypendysta CUW oraz rosyjskiego Ministerstwa Oświecenia Publicznego poszukiwał nieznanych dokumentów do historii i literatury polskiej XVI wieku w archiwach oraz bibliotekach Austrii, Niemiec, Francji i Włoch (jako pierwszy z polskich uczonych korzystał z udostępnionych właśnie zbiorów Watykanu). Wtedy także, przebywając w Krakowie, uczęszczał na wykłady Józefa Szujskiego, a później – we Lwowie – na wykłady i seminarium Ksawerego Liskego.

Pracował na Carskim Uniwersytecie Warszawskim w latach 1882–1915, początkowo zatrudniony na etacie docenta, od 1886 jako profesor nadzwyczajny, wreszcie od 1889 (uzyskał wtedy na Uniwersytecie Petersburskim stopień doktora) jako profesor zwyczajny. Ponadto od 1896 do 1913 roku był kustoszem Gabinetu Archeologicznego i Numizmatycznego Biblioteki UW.

Od 1896 do 1919 roku sprawował funkcję dyrektora Archiwum Głównego Akt Dawnych w Warszawie. Wybrany w 1903 roku na członka krakowskiej Akademii Umiejętności, był także współzałożycielem i wiceprezesem Warszawskiego Towarzystwa Naukowego (1907) oraz członkiem warszawskiego Towarzystwa Miłośników Historii, lwowskiego Towarzystwa Historycznego, Towarzystwa Naukowego we Lwowie (1921) oraz Cesarskiego Towarzystwa Archeologicznego w Moskwie (1902).

Znał 15 języków, z których biegle posługiwał się 10.

Obejmując w 1882 roku katedrę literatury polskiej na carskim UW, został przez współczesnych okrzyknięty zdrajcą sprawy narodowej, carskim „służalcem”, który dla własnej kariery oraz materialnych zysków zgodził się prowadzić zajęcia w języku rosyjskim. Powszechnie uznano, że wspierał politykę rusyfikacji. Wiele obraźliwych zniewag oraz nieprawdziwych insynuacji (jak pisał Wierzbowski: „pozbawionych wszelkiego taktu i przyzwoitości”) pojawiło się o nim w ówczesnej prasie. W jednym z anonimowych listów, który krążył w odpisach, zaliczono go do grona zdrajców ojczyzny, pisząc:

Tymczasem Wierzbowski obowiązek pracy na rzecz ojczyzny rozumiał zgodnie z pozytywistycznym hasłem „pracy u podstaw”. Po fali represji antypolskich po powstaniu styczniowym miał nadzieję, jak wielu ugodowo zorientowanych Polaków, że Rosja jest gotowa złagodzić swą politykę narodowościową. Jednym z przejawów dobrej woli cara i jego urzędników miało być utworzenie na zrusyfikowanym Uniwersytecie Warszawskim katedry języka polskiego i zgoda na prowadzenie wykładu po polsku (w szkolnictwie i administracji obowiązywał język rosyjski). Wierzbowski chciał widzieć w tej decyzji wspaniałomyślny gest, który zapoczątkuje kolejne postanowienia wprowadzające równouprawnienie Polaków w państwie rosyjskim i doprowadzi do zgodnego funkcjonowania obu narodów. Ukaz carski o utworzeniu katedry został wydany, lecz nie zaznaczono, w jakim języku będą odbywały się zajęcia. Jak pisał Wierzbowski, „nastąpiła nieszczęsna śmierć cesarza Aleksandra II” i sprawa wykonania ukazu odwlekła się. Ostatecznie utworzono katedrę, ale antypolsko nastawiony kurator okręgu szkolnego Aleksander Apuchtin spowodował, że językiem wykładowym został język rosyjski. Podobno sam Aleksander III śmiał się z nadgorliwości i głupoty swych urzędników, jednak decyzji Apuchtina nie zmienił. Rozgoryczenie i oburzenie Polaków było powszechne. Gdy w tej atmosferze Piotr Chmielowski, jako jeden z pierwszych kandydatów, nie przyjął katedry, jego decyzja została uznana za wzór patriotycznej postawy wobec decyzji upokarzającej Polaków. Niewiele osób wiedziało, że Chmielowski zgodził się na wykłady po rosyjsku, a zrezygnował z katedry, ponieważ nie miał odpowiednich kwalifikacji. Jego dyplom doktora filozofii z Lipska na terenie cesarstwa nie był honorowany. Dlatego został zobowiązany, by w ciągu dwóch lat uzyskał dyplom magistra literatury słowiańskiej rosyjskiego uniwersytetu. Chmielowskiego czekały trudne egzaminy z literatur słowiańskich i literatury powszechnej, musiał także opanować dwa języki słowiańskie (poza rosyjskim i polskim) oraz przygotować rozprawę naukową z zakresu wskazanej specjalizacji. Zrezygnował, bo wiedział, że nie sprosta zadaniu, jednak później nie zamierzał ujawnić wszystkich okoliczności swej decyzji.

Opinia publiczna okrzyknęła Chmielowskiego patriotą, Wierzbowskiego – zdrajcą i karierowiczem. Wierzbowski zdecydował się przyjąć stanowisko, gdyż spodziewał się, że w razie jego odmowy katedrę literatury polskiej może objąć antypolsko nastawiony Rosjanin. Ponadto uważał, że nie może odmówić, gdyż jako stypendysta ministerstwa był zobowiązany do objęcia katedry filologii słowiańskiej na którymś z uniwersytetów cesarstwa. Przede wszystkim jednak od samego początku uznał za swój cel uzyskanie zgody na wykłady literatury polskiej w języku ojczystym. Zgodził się na objęcie katedry w imię zasady, że „nieobecni nie mają racji”.

Żadna z gazet nie chciała opublikować wyjaśnień Wierzbowskiego o okolicznościach oraz motywach objęcia przez niego stanowiska na CUW. Nawet po latach, gdy w 1902 roku z lojalnymi propozycjami ułożenia stosunków polsko-rosyjskich wystąpili Włodzimierz Spasowicz oraz Erazm Piltz i wspominali o wadze, jaką miałoby wprowadzenie na uczelni wykładów po polsku, nie wyjaśnili w pełni okoliczności objęcia katedry przez Wierzbowskiego, gdyż nie mieli odwagi podważyć mitu o patriotycznej postawie Chmielowskiego.

Trzeba przyznać, że Wierzbowski mógł z wielu powodów nie budzić sympatii współczesnych. Nie ukrywał swych lojalistycznych przekonań, twierdząc, że w aktualnej sytuacji politycznej Polacy powinni związać swą przyszłość z Rosją. Robił karierę i piął się coraz wyżej w cesarskiej hierarchii służbowej, był odznaczany przez zaborcę za wierną służbę wieloma medalami, bardzo dobrze zarabiał (ok. 3 tys. rubli rocznie jako profesor CUW oraz 4 tys. jako dyrektor AGAD). Zachowywał się dostojnie i z dystansem, co odczytywano jako wyniosłość i zarozumiałość. Jako jeden z niewielu Polaków utrzymywał zawodowe kontakty z wieloma uczonymi rosyjskimi. Jednak oszczerstwem były pomówienia Wierzbowskiego o współudział w rusyfikacji polskiej młodzieży. Jego Wypisy polskie. Podręcznik dla klas wyższych średnich zakładów naukowych (1884) świadczą o gotowości autora, by mimo cenzuralnych ograniczeń uczyć młodzież patriotyzmu. Książka z tekstami do języka polskiego zawierała wprawdzie komentarze po rosyjsku i pomijała fragmenty o antyrosyjskiej wymowie, jednak wydrukowane w niej teksty były wyborem utworów ważnych dla polskiej kultury i świadczyły o zamiarze podtrzymania miłości do ojczyzny. Wierzbowskiemu udało się wprowadzić do Wypisów autorów, którzy zmarli na emigracji i znani byli ze swej antyrosyjskiej postawy: Teofila Lenartowicza, Joachima Lelewela, Juliusza Słowackiego i Adama Mickiewicza. Zamieścił także szereg fragmentów tekstów staropolskich o jednoznacznie patriotycznej wymowie. Znalazły się wśród nich: Jana Kochanowskiego Pieśń o spustoszeniu Podola i Odprawa posłów greckich, Frycza Modrzewskiego O naprawie Rzeczypospolitej, Piotra Skargi kazania o miłości ojczyzny, Stefana Leszczyńskiego Głos wolny wolność ubezpieczający i wiele innych. W Wypisach zostały uwzględnione także utwory drażliwe politycznie, jak fragmenty Barbary Radziwiłłówny Alojzego Felińskiego mówiące o wolnych Polakach, którzy nigdy nie ugną się „przed mieczem tyrana”. Cenzura uniemożliwiła druk uwzględnionego przez Wierzbowskiego chorału Kornela Ujejskiego Z dymem pożarów, uznawanego za hymn narodowy powstania styczniowego. Wydane Wypisy wzbudziły niezadowolenie samego Apuchtina, który uznał, iż „podręcznik stara się przemycić historię Polski, budzi dumę i poczucie narodowe”. Dlatego w drugim wydaniu (1888) nakazał skreślić wiele tekstów (z 600 stron zostało w książce 464), ale pomimo tego okrojony podręcznik i tak wkrótce został wycofany z użytku szkolnego.

Wierzbowski działał bez rozgłosu. Korzystając ze swej wysokiej pozycji w carskiej hierarchii służbowej, wielokrotnie zabiegał w Petersburgu o wykład w języku polskim, otwarcie walczył z rosyjskimi profesorami CUW, którzy nie popierali jego starań. W 1896 roku opracował memoriał „o dyskryminacji języka polskiego na uniwersytecie i w szkolnictwie średnim Warszawskiego Okręgu Naukowego”. W wyniku jego interwencji język polski zaczęto w szkołach traktować tak jak języki obce – niemiecki czy francuski – a zatem nauczyciel mógł przy objaśnieniach i wykładzie mówić po polsku. Na uczelni nadal nie było to możliwe. W marcu 1905 roku, w czasie strajków szkolnych w Warszawie, Wierzbowski jako profesor CUW opowiedział się po stronie manifestujących studentów. Sprzeciwił się karaniu uczestników wiecu, oskarżonych m.in. o zniszczenie portretu cara. Wystąpił też z rewolucyjnym, jak na ówczesne czasy, żądaniem wprowadzenia na uczelni wykładów w języku polskim z polskiego prawodawstwa, historii i literatury polskiej, postulował dopuszczenie Polaków do stanowisk docentów w 50% ogólnej liczby wykładowców. Wierzbowski żądał także od władz zapewnienia, że w przyszłości będzie więcej katedr dla Polaków, oraz deklaracji, że na stanowisku rektora zawsze będzie zasiadał Polak. Dzięki swym żmudnym zabiegom i wielokrotnym interwencjom, po 27 latach starań uzyskał upragnioną zgodę na prowadzenie wykładu z literatury polskiej w języku ojczystym. 3 lutego 1909 roku przemówił do swych studentów po raz pierwszy po polsku, a wykład poświęcił pieśni Bogurodzica.

Teodor Wierzbowski był ceniony przez środowisko naukowe jako uczony o olbrzymiej erudycji, z podziwem pisano o jego „pracowitości niezmordowanej”. Był autorem około 200 publikacji naukowych. W większości były to edycje nieznanych dokumentów i rękopisów, odnalezionych w całej Europie. Równie ważne, wobec trudności z udostępnianiem i stanem opracowania zasobów archiwalnych oraz bibliotecznych, były wydawane przez Wierzbowskiego pomoce ewidencyjne i bibliografie.

Bezcenny i do dziś wykorzystywany jest sumariusz metryki koronnej Polski (Matricularum Regni Poloniae Summaria, t. I–V/1, 1905–1919), zawierający streszczenia dokumentów kancelarii królewskiej z lat 1447–1572. Tomy opracowane przez Wierzbowskiego zostały w 1961 i 1999 roku (t. V/2 i VI) uzupełnione o dokumenty późniejsze (do 1574 roku), a zastosowane zasady edytorskie kontynuowano jako odpowiadające dzisiejszym standardom naukowym. Wielce przydatna była opracowana przez niego Bibliographia Polonica XV ac XVII (t. I–III, 1889–1894). Jej ukazanie się spowodowało znaczny wzrost liczby kwerend z tematów objętych bibliografią.

Z zadowoleniem zostały przyjęte przez środowisko naukowe (choć niektórzy twierdzili, że można było pominąć część dokumentów) Materiały do dziejów piśmiennictwa polskiego i biografii pisarzów polskich (t. I–II, 1900–1904, wznowione w 1978 roku), efekt 25-letniej pracy Wierzbowskiego. Współcześni uczeni często sięgają po ten zbiór nadal przydatny do badań historycznych i literackich. Wierzbowski był także wydawcą składającej się z 25 zeszytów serii Biblioteka zapomnianych poetów i prozaików polskich XVI–XVIII w. (1886–1908). Aleksander Brückner uważał, że wiele zamieszczonych w Bibliotece tekstów miało małą wartość literacką. Wierzbowski odpowiadał, że jego zamiarem było przedstawienie mniej znanych autorów, a ich utwory, choć nie najwyższych lotów, dają badaczom i miłośnikom literatury możliwość oceny rozwoju stylu i języka dawnych Polaków, pozwalają poznać wszechstronnie kulturę staropolską. Duże zainteresowanie i uznanie dla autora wywołała publikacja Przywilejów królewskiego miasta stołecznego Starej Warszawy 1376–1772 (1913, ponownie wydana w 1979 roku). Wśród wydanych zbiorów dokumentów wymienić należy także: edycję relacji nuncjusza papieskiego o sprawach polskich wydobytych z Archiwum Watykańskiego: Vincent Laureo, évéque de Mondovi, nonce apostolique en Pologne, 1574–1578... (1887); unikalne polskie starodruki dotyczące historii Rosji z okresu Dymitra Samozwańca: Matieriały k istorii Moskowskogo Gosudarstwa w XVI i XVIII stolietijach (1900). Wśród dziesiątków skromniejszych objętościowo wydawnictw warto wymienić Jana Sobieskiego Diariusz wyprawy wiedeńskiej w 1683 w dwóchsetną jej rocznicę (1883).

Często edycjom źródłowym Wierzbowskiego zarzucano brak staranności w odczytywaniu tekstów oraz mylne komentarze. On sam twierdził, że warto podejmować trud publikacji ze względu na bogactwo zawartych w nich nowych informacji nawet wtedy, gdy sprawiają one kłopoty wydawcy. Odpowiadając na zarzuty recenzentów co do poprawności odczytania jednego z listów Stanisława Orzechowskiego, pisał: „wiedział o nim, w swoim czasie p. Józef Korzeniowski, wiedział też i prof. [Aleksander] B[rückner]; czemuż go nie podali do druku? [...] Zapewne ich przestraszyła ohydna redakcja kopii i nie chcieli na szwank narażać swojej reputacji. Ja, ogłaszając ten list, dobrze świadom byłem tego, że posypią się gromy na mnie i na moją nieudolność; ale edytorską uczciwość postawiłem wyżej, niż ambicję własną, w mniemaniu, że ta ostatnia nie może grać roli wobec tych danych, które z listu czerpać można, pomimo błędnej osnowy jego i choćby fałszywej rekonstrukcji tekstu w ustępach drugorzędnych”2.

Ważnym opracowaniem Wierzbowskiego był pierwszy polski praktyczny podręcznik ułatwiający odczytanie i interpretację staropolskich dokumentów: Vademecum. Podręcznik do studiów archiwalnych dla historyków i prawników polskich (wyd. 1 – 1908, wyd. 2, zmienione i rozszerzone – 1926). Załączony do pracy wykaz skrótów stosowanych w XIV–XVII wieku oraz słowniczek łacińsko-polski, jako nadal przydatne w pracy badawczej, zostały wznowione w 1984 roku.

Wierzbowski był przekonany, że wobec niedostatecznych badań szczegółowych nie nadeszła jeszcze pora na pisanie syntez. Dlatego zadaniem uczonego powinno być ustalanie faktów na podstawie odnalezionych i krytycznie opracowanych materiałów źródłowych. Uważał, że badacze dziejów literatury polskiej powinni, tak jak historycy, skupić wszystkie swe siły na odkrywaniu nieznanych źródeł i opracowywaniu na ich podstawie prac monograficznych poświęconych sylwetkom polskich pisarzy. Wielokrotnie powtarzał, że uczony winien obiektywnie badać przeszłość, eliminując sympatie społeczno-polityczne, religijne przekonania i wszelkie emocje. Aby ten cel osiągnąć, należało ograniczyć do minimum odautorski komentarz, by sam czytelnik wyciągał wnioski, oceniał opisane przez uczonego zdarzenia, ludzi i ich dzieła. Taki charakter miały napisane przez Wierzbowskiego monografie: Krzysztof Warszewicki 1543–1603 i jego dzieła (wyd. rosyjskie – 1885, polskie – 1887) oraz Jakób Uchański, arcybiskup gnieźnieński (1502–1581) (1895). Zostały one oparte na imponującej bazie źródłowej i poprzedzone wielotomowymi wydawnictwami źródłowymi. Jednak sposób zaprezentowania postaci spotkał się z krytyką. Nie zgadzali się z Wierzbowskim historycy literatury, uważając, że monografia naukowa nie może się ograniczać do prezentowania wydarzeń oraz streszczeń dzieł omawianych bohaterów. Książkę o Warszewickim scharakteryzowano tak: autor tłumaczy epizody, ale nie zgłębia przyczyn i skutków, nie wnika w charakter czynników wewnętrznych i zewnętrznych, jedynie je rejestruje, ale unika komentarzy i wyjaśnień. Zarzucano Wierzbowskiemu, że nie odpowiedział na ważne pytania: dlaczego jego bohater tak często zmieniał obozy polityczne, jaki był jego stosunek do osób, z którymi się wiązał, w czym kryła się tajemnica ogromnej popularności jego pism u współczesnych. Z kolei w monografii o Uchańskim najwięcej zastrzeżeń budziła konstrukcja pracy, o której pisano: „czytelnik z trudem przebija się przez gąszcz szczegółów, powraca raz wraz do zbadanych już i poruszanych chwil, spraw i ludzi, to znów wybiega naprzód, aż w ostatnie lata prymasa, by raz jeszcze powrócić do wcześniejszych”3. Szczegóły miały przesłaniać ważne problemy i charakterystykę całości: „uczuwamy wielki brak głębszego wniknięcia w duszę ambitnego prałata [...] autor nie rozebrał jego wartości wewnętrznej, moralnej strony nam nie pokazał. Nie umiał powiedzieć, czy Uchański wierzył, jakie miał pojęcia prawdy i sprawiedliwości, jakie ideały”4.

Iluzją okazały się nierealne do zastosowania w praktyce postulaty Wierzbowskiego: dystansowania się uczonego od opisywanych wydarzeń i obiektywnego prezentowania badanych postaci. W obu monografiach wyraźnie można zauważyć, że pisał je człowiek wyznania rzymskokatolickiego. Ocena Warszewickiego sprowadzona została do surowego moralnego osądu, jako człowieka niestałego w poglądach, kłamcy, trwoniącego majątek rozrzutnika. Wierzbowski, przyjmując taki sposób oceny, nie był w stanie dostrzec makiawelizmu jako metody postępowania swego bohatera. Podkreślając moralne wady, nie potrafił zauważyć, że Warszewicki to porywający mówca, zdolny polityk, autor pierwszego w Polsce opracowania o sztuce dyplomacji i rządzenia krajem. Za wszelką cenę Wierzbowski starał się z kolei przedstawić prymasa Uchańskiego jako człowieka szczerze wierzącego i oddanego Kościołowi katolickiemu. Gdy pisał o jego przyjaźni z Fryczem Modrzewskim, zaznaczał, że Uchański dystansował się od jego heretyckich poglądów. Gdy przytaczał zarzuty o jego roli w tworzeniu Kościoła narodowego, tłumaczył, że oskarżający go legaci papiescy nie rozumieli finezyjnej gry prymasa, który tylko taktycznie szedł na ustępstwa, a w sprawach zasadniczych miał być wierny Stolicy Apostolskiej. Oceniając zasięg reformacji, Wierzbowski podkreślał, że wiara katolicka w Polsce nie była w tamtych czasach poważnie zagrożona, bo szlachta, krytykując Kościół i religię, zabiegała o swe przywileje kosztem pozycji duchowieństwa. Gdy to się udało, minęło zagrożenie protestantyzmem.

Do dzisiaj obie monografie i większość opracowań Wierzbowskiego traktowane są jako zbiór ważnych informacji szczegółowych, wątpliwości budzą zaś analizy i oceny autora.

W związku z uniwersyteckimi wykładami Wierzbowskiego o literaturze polskiej powstał szereg artykułów, wydanych później w zbiorze Z badań nad Mickiewiczem i utworami jego (1916). I tym razem chwalono autora za wyszukanie nowych dokumentów, a krytykowano za nadmierne do nich zaufanie. Jeden z recenzentów pisał: „dokumenta urzędowe [...] są bez wątpienia ważnym dla biografa poety materiałem, tylko nie trzeba im ufać bezwzględnie, jak to czyni p. W, który relacji składanych w komisji śledczej żadnej nie poddaje krytyce”5.

Pod koniec swej kariery naukowej Wierzbowski zainteresował się dziejami Komisji Edukacji Narodowej. Zdążył wydać część odnalezionych przez siebie akt i rękopisów w planowanej na 45 zeszytów serii Komisja Edukacji Narodowej i jej szkoły w Koronie. 1773–1794 (ukazały się tylko z. 1–21, 1901–1915). Planował także napisanie dzieła złożonego z ośmiu tomów, zdołał ukończyć tylko tom pierwszy monografii: Komisja Edukacji Narodowej 1773–1794 (1911). Ponadto z tej tematyki opublikował pracę Szkoły parafialne w Polsce i na Litwie za czasów Komisji Edukacji Narodowej (Kraków 1921), z ważnymi informacjami o zasadach funkcjonowania Komisji oraz ułożonymi w porządku alfabetycznym danymi o miejscowości, liczbie uczniów oraz wynikach nauczania każdej ze szkół. Wydawnictwa te zachowały do dziś nieocenioną wartość wobec zniszczenia w czasie ostatniej wojny większości oryginalnych źródeł do dziejów KEN.

Wybuch I wojny światowej i wkroczenie na teren zaboru rosyjskiego armii niemieckiej w 1915 roku zachwiały karierą Wierzbowskiego. Jego antyniemieckie nastawienie i lojalność wobec cara spowodowały, że dystansował się wobec starań Polaków o poszerzenie swobód narodowych. Nie został powołany do grona wykładowców na nowo organizowanym Uniwersytecie Warszawskim, ale zapewne też sam nie chciał przyjąć stanowiska profesora uczelni, gdyż wiązało się to z uznaniem państwowości niemieckiej. Przyczyny odejścia z UW nie miały tylko natury politycznej. Wierzbowski był przede wszystkim historykiem, który starał się ustalać fakty, jako wykładowcy zaś literatury polskiej brakowało mu warsztatu filologa i umiejętności analizy tekstu literackiego. Nie miał kwalifikacji zawodowych jak zatrudnieni po 1915 roku na katedrze języka polskiego Józef Kallenbach czy później Juliusz Kleiner, Bronisław Chlebowski, a w końcu Józef Ujejski.

Pełne dystansu stanowisko Wierzbowskiego wobec zmieniającej się rzeczywistości po 1915 roku spowodowało, iż w opinii społecznej odżyły dawne pomówienia o pozbawioną godności lojalność i jego służalczość wobec carskiej Rosji. Posądzano go wręcz o niechęć do polskich aspiracji niepodległościowych. Tak też interpretowano jego narastający konflikt z Ministerstwem Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego odrodzonej Rzeczypospolitej. Jednak przyczyny konfliktu były inne. Wierzbowski krytykował przygotowaną przez MWRiOP słabą ustawę archiwalną oraz nie chciał współpracować z wysoko postawionym urzędnikiem ministerstwa, wcześniej swym byłym pracownikiem, który w czasie wojny, zajęty polityką, lekceważył swe obowiązki w archiwum. Wierzbowski w 1919 roku został zmuszony do odejścia z AGAD. Czuł się rozgoryczony i pokrzywdzony. Odmówiono mu emerytury archiwalnej, przyznana zaś emerytura uczelniana była wyjątkowo niska. W liście do swego przyjaciela Oswalda Balzera skarżył się, że będzie otrzymywał tyle, ile zarabia woźny w archiwum, a przyznana kwota wystarczy mu najwyżej „na życie chyba w przytułku dla żebraków”.

Wierzbowski znalazł się w trudnej sytuacji materialnej. Przez dwa lata, zanim zaczęto wypłacać mu emeryturę, wyprzedawał swe zbiory numizmatyczne oraz bibliotekę. Odwróciła się od niego większość znajomych. Zmarł w wieku 69 lat na zawał serca. Wdowa po profesorze z żalem pisała do Balzera, że nikt z władz uniwersyteckich ani z krakowskiej Akademii Umiejętności nie złożył jej kondolencji, a także wyrażała obawy, czy papiery i materiały osobiste, które zgodnie z ostatnią wolą męża chciała przekazać Bibliotece PAU, zostaną przyjęte. Dlatego nie dziwi zakończenie artykułu z „Kuriera Poznańskiego”, w którym w pośmiertnym wspomnieniu tak żegnano Teodora Wierzbowskiego: „niech ziemia polska, tak ciężka za życia, będzie mu lekka po śmierci”6.