Jefim Fiedorowicz Karski urodził się w Łaszy pod Grodnem 1 I 1861 r. Miejscowość ta przed 1939 r. leżała w granicach II RP i była białoruską enklawą na tym terenie. Rodzicami przyszłego rektora byli małoletni: posługacz w cerkwi Fiodor Nowicki i uczennica Karska. Możemy się domyślać, że dziecko (w urzędzie zarejestrowane pod nazwiskiem matki) zrodzone z romansu biednych nastolatków nie miało łatwego dzieciństwa. Malcem zajmowali się dziadkowie i duchowni z tamtejszej cerkwi.

Gdy chłopczyk skończył 10 lat, z inicjatywy ojca posłany został do prawosławnego Mińskiego Seminarium Duchownego, a po jego ukończeniu – do Instytutu Historyczno-Filologicznego w Nieżynie. Tu przyszły rektor został uczniem sławnego Romana F. Brandta i zainteresował się bliżej filologią słowiańską. Nieżyńską uczelnię ukończył w 1885 r., co po latach zostało upamiętnione stosowną tablicą wmurowaną w ścianę instytutu.

W 1886 r. opublikował swą pierwszą liczącą się w dorobku naukowym pracę Głoski i formy białoruskiego narzecza (Obzor zwukow i form biełorusskoj rieczi). Był już wtedy zdolnym nauczycielem w wileńskim gimnazjum, regularnie prowadzącym badania etnograficzne pogranicza polsko-białoruskiego. Ożenił się z córką popa, co jeszcze bardziej zbliżyło go do cerkwi.

W 1893 r. przeniósł się do Warszawy, gdzie rozpoczął pracę na Uniwersytecie Warszawskim i już po roku uzyskał tytuł profesora. Wykładał język staro-cerkiewno-słowiański. W 1902 r. został dziekanem Wydziału Filologiczno-Historycznego, co dobrze wróżyło jego dalszej karierze. Przypomnijmy, że w czasach Cesarskiego UW (1869–1915) rektorami tej uczelni zostawali zwykle profesorowie tego właśnie wydziału (łącznie aż 7).

Wykładając w Warszawie, na podstawie pracy magisterskiej Karski opublikował Historię dźwięków i form białoruskiego narzecza (K istorii zwukow i form biełorusskoj rieczi) oraz Pytania o zachodnio-rosyjskie odmiany języków (K woprosu o razrabotkie starogo zapadnorusskogo narieczija). Te zainteresowania językiem białoruskim (zgodnie z duchem epoki Karski nazywał go jedynie narzeczem, odmianą lub gwarą rosyjską) sprawiły, że do dziś jest on na Białorusi postacią znaną i cenioną. W rodzinnej Łaszy istnieje nawet izba pamięci poświęcona „znanemu białoruskiemu lingwiście”. Swoje badania publikował w najbardziej wówczas prestiżowym piśmie filologicznym, czyli w „Russkim fiłołogiczeskim wiestniku”, którego w latach 1905–1917 był redaktorem naczelnym.

W 1905 r. nastały niespokojne czasy rewolucji i polityka rosyjska wobec warszawskiej uczelni uległa pewnym zmianom. W sierpniu odszedł rektor Ziłow i w tym samym miesiącu władze zgodziły się, by rektorem została osoba z wyboru, a nie z nominacji. Zniesiono też urząd znienawidzonego przez studentów inspektora i zastanawiano się, czy choćby w szczątkowej formie nie przywrócić języka polskiego. Dla polskich patriotów były to zmiany zbyt małe, dla rosyjskich nacjonalistów zbyt duże. Tymczasem wciąż trwała rewolucja. Przeciwnik polonizacji uczelni Władimir Amalicki został pobity przez „nieznanych sprawców”, a zajęcia akademickie od stycznia 1905 r. ciągle odwoływano. Wreszcie 3 IV 1905 r. Cesarski UW bezterminowo zamknięto. W takich trudnych okolicznościach 19 IX Jefim Fiedorowicz został wybrany rektorem. Głosowało na niego 34 z 53 elektorów.

Nie ulega wątpliwości, że Karski był wiernym poddanym cara, choć dystansował się od stylu rządów swego poprzednika Ziłowa, uznawanego za nieprzejednanego polonofoba. Karski opowiadał się za wprowadzeniem na Wydziale Historyczno-Filologicznym języka polskiego, ale zarazem proponował, by w ramach represji za antyrosyjskie zamachy zamknąć polskie szkoły średnie. Odmówił jednak wejścia w skład sądu uczelnianego, który miał sądzić studentów winnych rozruchów z 28 I 1905 r. W 1906 r. na zjeździe rektorów rosyjskich uczelni głosował za przeniesieniem Cesarskiego UW w głąb Rosji, co – jak wiemy – stało się niespełna 10 lat później, choć w zupełnie innych okolicznościach.

Charakterystyczne było jego niezdecydowane stanowisko wobec prośby złożonej w 1909 r. przez jedynego polskiego profesora na Cesarskim UW Teodora Wierzbowskiego, by plan zajęć z historii języka polskiego wydrukować w „Warszawskich Uniwiersitietskich Izwiestijach” po polsku. Nie umiał się zgodzić, ale też nie umiał zabronić i w konsekwencji odesłał tę prośbę do wyższej instancji, która udzieliła odpowiedzi odmownej.

Doprawdy, trudno jednoznacznie oceniać jego postawę, zwłaszcza że uczelnia nie działała w sposób normalny. Zamęt rewolucyjny sprawił, że w listopadzie 1906 r. na mocy reskryptu carskiego uczelnię bezterminowo zamknięto „na czas uspokojenia Kraju Priwislanskiego”, choć i tak była ona zamknięta od ponad pół roku. Karski pozostał na swym stanowisku prawie do końca 1910 r. Pod koniec jego urzędowania (w roku akademickim 1908/1909) ruszyły zajęcia na I roku. Wkrótce uruchomiono kolejne kursy, ale Uniwersytet Warszawski nie przypominał już uczelni sprzed rewolucji. Oczywiście nadal wykładano po rosyjsku, ale teraz wśród studentów zdecydowanie przeważali Rosjanie. Taki właśnie uniwersytet wizytował w połowie 1910 r. dostojny gość generał-gubernator warszawski Gieorgij Skałon, którego rektor Karski oprowadził po uczelni. Skałon najdłużej oglądał Gabinet Figur Gipsowych. Kilka miesięcy po wizycie ważnego gościa Karski przestał być rektorem. Wybory wygrał młodszy i dużo bardziej otwarty na zmiany Iwan Trepicyn.

Po opuszczeniu Warszawy w 1915 r. Karski został członkiem Petersburskiej Akademii Nauk. Do rewolucji październikowej miał stosunek niechętny lub co najmniej zachowawczy, ale Rosji nie opuścił. W pełnym zamętu roku 1917 planował przenieść się z całą rodziną do Nieżyna, by zostać dyrektorem swojej Alma Mater. Wygrał nawet uczelniane wybory, ale z nieznanych powodów do Nieżyna nie przybył i zamierzenia nie zrealizował.

W 1925 r. wstąpił do Akademii Nauk Związku Radzieckiego i w nowej komunistycznej rzeczywistości doczekał emerytury. Tuż przed nią odwiedził Polskę, przybywając tu z oficjalną delegacją radzieckich naukowców. Wizyta ta przysporzyła mu kłopotów, ponieważ po powrocie został przez władze ZSRR oskarżony o kontakty z kontrrewolucyjnymi emigrantami. Karskiego dotknęły szykany i w 1929 r. musiał ustąpić z funkcji dyrektora leningradzkiego Muzeum Etnograficznego. Zmarł 29 IV 1931 r. w Leningradzie i tam został pochowany.

Badania językoznawcze Karskiego (mimo używanej niekiedy nacjonalistycznej retoryki) wywarły wpływ na młodsze pokolenie filologów. Jednym z uczniów Karskiego był Polak Jan Otrębski, w latach II RP profesor Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie, a po II wojnie światowej Uniwersytetu Poznańskiego. Kilkanaście lat temu do Muzeum UW przyszedł list wysłany z Moskwy. Napisał go po rosyjsku wnuk Karskiego, który wyjaśniał kilka szczegółów z życia filologa i dawnego rektora Cesarskiego UW. Nadawca podkreślał, że w jego rodzinie świadomość tego, że Karski kierował warszawską uczelnią, zawsze stanowiła powód do dumy.