Jan Mazurkiewicz urodził się 12 VII 1871 r. w dworku w Krasnym Dworze koło Brześcia. Był synem ziemianina Leopolda i Krystyny z d. Kowalewskiej. Gdy osiągnął wiek gimnazjalny, wyjechał do Warszawy, aby uczyć się w IV Gimnazjum Klasycznym, a od 1890 r. studiować na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. Studiów medycznych na warszawskiej uczelni nie ukończył, bo zaangażował się w politykę niepodległościową i po manifestacjach z okazji 100 rocznicy Konstytucji 3 Maja wyrzucono go z rosyjskiego uniwersytetu. Wyjechał do Krakowa i stopień doktora wszech nauk lekarskich zdobył na Uniwersytecie Jagiellońskim w 1896 r. Zaraz po tym wyjechał na studia uzupełniające do Dorpatu (1896–1897), Grazu (1897–1898) i Paryża (1899–1900). Tam zetknął się ze sławnymi medykami badającymi nieprawidłowości ludzkiej psyche Alexisem Joffroy’em i Gabrielem Antonem. Pod wpływem tych zainteresowań napisał swą pierwszą wielką pracę zatytułowaną Andrzej Towiański. Studium psychologiczne.

Po powrocie do Warszawy w 1900 r. rozpoczął pracę na oddziale psychiatrycznym szpitala św. Jana Bożego, niemal jednocześnie nadzorując budowę nowoczesnej placówki psychiatrycznej w Kochanówce pod Łodzią. Gdy we wrześniu 1902 r. szpital w Kochanówce oddano do użytku, Mazurkiewicz został jego dyrektorem. Na tym stanowisku pozostał do 1907 r., gdy wyjechał do podkrakowskiego Kobierzyna. Tam stanął na czele szpitala psychiatrycznego, znów zyskując szacunek i uznanie.

W 1909 r. związał się na krótko z uniwersytetem we Lwowie, gdzie został mianowany docentem prywatnym psychiatrii i rozpoczął wykłady. I tu ciekawostka: w tym samym czasie wykłady we Lwowie rozpoczął inny Mazurkiewicz o imieniu Władysław (późniejszy farmakolog), a losy obu niespokrewnionych ze sobą Mazurkiewiczów były zadziwiająco podobne. Nosili to samo nazwisko, urodzili się w tym samym roku na kresach, konspirowali, byli lekarzami i pracowali na UW, nie dziwią zatem różne pomyłki biografów.

W 1911 r. Jan Mazurkiewicz powrócił do Krakowa i na UJ prowadził zajęcia z psychiatrii. Stanął na ślubnym kobiercu z młodszą o 15 lat Zofią Zalewską. Stanowili harmonijny związek. Wkrótce doczekali się potomstwa: Jerzego (zmarłego w dzieciństwie) i Zosi (ur. 1914).

Gdy Polska odzyskała niepodległość, Mazurkiewicza zaproszono do Warszawy. Przybył tam jako profesor nadzwyczajny, gdyż przed odjazdem z Krakowa (w styczniu 1919 r.) wszechnica jagiellońska obdarzyła go tym tytułem. Wiosną 1919 r. został kierownikiem Katedry i Kliniki Psychiatrycznej UW i to stanowisko piastował aż do śmierci. Na stołecznym uniwersytecie Mazurkiewicz szybko zdobył sobie uznanie. Błyskawicznie, bo już w kwietniu 1919 r. otrzymał tytuł profesora zwyczajnego, skutecznie starał się o powiększenie skromnych do tej pory pomieszczeń uniwersyteckiej kliniki psychiatrycznej. W roku akademickim 1919/1920 został dziekanem Wydziału Lekarskiego, zastępując na tym stanowisku... znanego nam już Władysława Mazurkiewicza! Rok później nasz bohater został rektorem UW. Władysław Mazurkiewicz nigdy tego zaszczytu nie dostąpił.

Rektor Jan Mazurkiewicz w latach swej kadencji (1921/1922) zwracał uwagę na sytuację mieszkaniową kadry profesorskiej. Ubolewał, że niektórzy wybitni uczeni nie mogą wykładać na uniwersytecie tylko dlatego, że nie mają mieszkania w Warszawie. Mazurkiewicz opowiadał się za powołaniem kooperatywy mieszkaniowej dla pracowników uczelni.

Przez cały okres pracy na UW (1919–1947) był czynnym naukowcem. W latach 1923–1928 i 1930–1947 stał na czele Polskiego Towarzystwa Psychiatrycznego. Od 1930 r. był członkiem Polskiej Akademii Umiejętności, a od 1933 r. aż do wybuchu wojny pełnił funkcję prezesa Słowiańskiego Towarzystwa Neurologiczno-Psychiatrycznego. Należał do masonerii i był nawet Wielkim Mistrzem Loży Narodowej Polskiej, co w pewnych kręgach przysporzyło mu wrogów. Jednak nawet oni potrafili dostrzec w Mazurkiewiczu znakomitego naukowca. Ówczesny docent Wydziału Lekarskiego UW Zdzisław Michalski musiał przyznać, że „Mazurkiewicz wiadomości miał dużo i wykładał rzeczowo”.

W czasie II wojny światowej uczył na tajnym Wydziale Lekarskim UW. Na krótko został aresztowany przez hitlerowców i uwięziony w siedzibie gestapo przy al. Szucha. Na szczęście Niemcy niebawem wypuścili ponad 70-letniego naukowca, nie dopatrując się w nim konspiratora. Powstanie warszawskie przeżył na Mokotowie. Przed kapitulacją i wywózką do Pruszkowa, a potem do Częstochowy, żona zakopała najcenniejsze maszynopisy i notatki profesora. Po wojnie szczęśliwie je odnaleziono, dzięki czemu Mazurkiewicz mógł z niezłomną energią powrócić do pracy naukowej. Na UW wrócił wiosną 1945 r. Przywitano to z radością, gdyż powszechnie uznawano go za niezwykle uczciwego i prawego człowieka, tolerancyjnego dla innych przekonań.

W 1946 r. organizował Klinikę Psychiatryczną UW w Tworkach. Szpital w Tworkach stał się wtedy niemal jego drugim domem. Tam z pasją oddawał się leczeniu pacjentów i lekturze czasopism medycznych. Późnym latem 1947 r. wyraźnie podupadł na zdrowiu. Gorączkował, planował operację nerki. Jego biograf prof. Tadeusz Nasierowski opublikował list Mazurkiewicza do ówczesnego rektora UW Franciszka Czubalskiego, napisany kilkanaście dni przed śmiercią. Bez emocji informował, że jest w stanie krytycznym i wobec spodziewanej śmierci prosił rektora o przysługę: „Drogi Franku! Wybacz, że do mnóstwa Twoich kłopotów, dodaję jeszcze moją prośbę. [...] Czy mój pogrzeb, jako byłego rektora, odbędzie się na koszt Uniwersytetu, według przedwojennych zwyczajów?”.

Prośba ta była podyktowana troską o rodzinę, która po zawierusze wojennej nie miała majątku, a pochówek był przecież sporym wydatkiem. Pracował do końca, nie doczekawszy, niestety, wydania swych najwybitniejszych prac. Zmarł w Tworkach 31 X 1947 r. Jego podręcznikowa praca Wstęp do psychofizjologii ukazała się w dwóch tomach dopiero w 1950 i 1958 r., a Zarys psychiatrii psychofizjologicznej jeszcze później, bo aż 33 lata po śmierci autora.

Dla dzisiejszego środowiska lekarskiego Mazurkiewicz pozostaje jednym z twórców nowoczesnej polskiej psychiatrii i psychofizjologii. Profesor Marek Masiak w encyklopedycznym artykule z 2002 r. nazwał go najwybitniejszym polskim psychiatrą, pisząc: „Mijający czas i postępy badań nie zdezaktualizowały jego podstawowych założeń teorii psychofizjologicznej”. W uznaniu zasług tego wybitnego psychiatry szpital w Tworkach w 1967 r. nazwany został imieniem prof. Jana Mazurkiewicza.

Mszę żałobną za duszę uczonego odprawiono w pierwszych dniach listopada 1947 r. w przyszpitalnym kościele. Rektor Jan Mazurkiewicz pochowany został na Cmentarzu Powązkowskim (kw. 240-VI-18).