Nasz bohater urodził się 6 V 1868 r. w Krakowie w średniozamożnej rodzinie urzędnika. Przez niemal pół wieku był związany z tym miastem. Tu ukończył znane Gimnazjum św. Anny (w 1886 r.), tu skończył studia medyczne (w 1892 r.) i tu też zdobył pierwsze stopnie naukowe. Jeśli wyjeżdżał z Krakowa, to na niezbyt długo, po to, by cieszyć oko pięknem przyrody. Franciszek Krzyształowicz pasjonował się taternictwem i jako student wdrapywał się na szczyty, na których jeszcze noga ludzka nie postała. Przyszły rektor UW jako pierwszy zdobył Baniastą i Zwalistą Turnię. Świadomie, czy też nie, ale był naśladowcą innego znakomitego uniwersyteckiego lekarza Tytusa Chałubińskiego.

Krzyształowicz kochał także muzykę, co w jakiejś mierze było u niego rodzinne – jego młodszy o 8 lat brat Kazimierz był pianistą i profesorem Wyższej Szkoły Muzycznej. Gdy przeniósł się do Warszawy, w swoim służbowym mieszkaniu na Koszykowej 82a zgromadził kolekcję obrazów Jacka Malczewskiego, Jana Matejki, Stanisława Wyspiańskiego i Stanisława Ignacego Witkiewicza (Witkacego). Z dwoma ostatnimi dobrze się znał i nieraz pełnił funkcję ich prywatnego lekarza. Witkiewicz w podzięce za lekarską poradę w 1919 r. wykonał serię portretów profesora.

Oprócz tych pięknych zainteresowań Krzyształowicza zajmowały rzeczy, których same nazwy mogą wywołać u laików wstręt i obrzydzenie. Profesor Krzyształowicz jak nikt inny znał się bowiem na paciorkowcach, krętkach bladych, wypryskach świerzbiączkowych i liszajcach żrących. Był bowiem syfilidologiem, czyli – mniej uczenie – specjalistą od syfilisu. Z dermatologią zetknął się bliżej, pracując po studiach w szpitalu św. Łazarza. W 1899 r. wyjechał na wielomiesięczną praktykę do Hamburga i Paryża. We Francji ukończył specjalistyczne studia uzupełniające w Collège de France (w 1900 r.). W tym czasie otrzymał pierwsze międzynarodowe wyróżnienie, nagrodę prof. Unny Niemieckiego Towarzystwa Dermatologicznego za badania elastyny i zmian zwyrodnieniowych skóry. Po powrocie do Krakowa w 1904 r. uzyskał stopień docenta i jako specjalista od chorób skórnych i wenerycznych, rozpoczął wykłady na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1906 r. został profesorem nadzwyczajnym, a 13 lat później zwyczajnym. W praktyce lekarskiej nie przeszkodziła mu wojna. Powołany do wojska w stopniu majora, kierował oddziałem dermatologicznym szpitala garnizonowego. Miał pełne ręce roboty, ponieważ żołnierze armii austriackiej doznawali uszczerbku na zdrowiu nie tylko na froncie od kul wroga, lecz także i na przepustkach od krętka bladego.

W Krakowie w czasie wojny prowadził też zajęcia ze studentami, od 1916 r. kierował Kliniką Dermatologiczną UJ. Niedługo po odzyskaniu przez Polskę niepodległości prof. Krzyształowicz skorzystał z zaproszenia Uniwersytetu Warszawskiego i przybył do stolicy. W 1919 r. został kierownikiem Katedry i Kliniki Dermatologicznej UW, stając się inicjatorem nauk dermatologicznych w Warszawie. Jako współzałożyciel, wiceprezes, a od 1927 r. prezes Polskiego Towarzystwa Dermatologicznego przewodził wielu akcjom uświadamiającym i zapobiegającym „wstydliwej chorobie”. Udzielał się też w Polskiej Akademii Nauk Lekarskich, a w 1930 r. został przyjęty do Polskiej Akademii Umiejętności. Był cenionym członkiem Międzynarodowego Komitetu Ligi Towarzystw Dermatologicznych. Do najważniejszych prac naukowych Krzyształowicza należą: kilkakrotnie wznawiana Morfologia krętka bladego (1908), Etiologia i patogeneza chorób skórnych (1926) i podręcznik Choroby skóry (1928).

Gdy w roku akademickim 1924/1925 stanął na czele uczelni, oddano do użytku pierwszy Dom Akademicki, co w jakimś stopniu zmniejszyło problemy mieszkaniowe studentów. W sprawozdaniu rektorskim żalił się, że nowych inwestycji budowlanych mogłoby być więcej, gdyby nie pewna trudność. Otóż przydzielone uczelni tereny na Ochocie (dziś znajdujące się po południowej stronie ul. Wawelskiej) nie mogły być wykorzystane ze względu na „wzloty samolotów” z pobliskiego lotniska mokotowskiego. Jednakże w 1925 r. władze wojskowe uczyniły wyjątek i udzieliły zgody na powstanie w tym miejscu Instytutu Radowego. Krzyształowicz mógł uznać to za swój sukces, był bowiem przewodniczącym komitetu budowy tej instytucji.

Jako lekarz rozumiał potrzebę promowania zdrowego i sportowego trybu życia. W 1925 r. z jego poparciem przystąpiono do tworzenia lektoratu wychowania fizycznego. Rektora niepokoił jednak coraz większy wpływ korporacji akademickich na uczelni. W uroczystym przemówieniu kończącym urzędowanie mówił: „Twór to przeniesiony do nas od obcych, [...] nam nie wolno ślepo naśladować tworów obcych”.

Był człowiekiem bezinteresownym, pogodnym, w poglądach politycznych zbliżonym do umiarkowanej sanacyjnej lewicy (być może dlatego zachowawczo podchodził do działalności korporacji studenckich na UW). To, co różniło go od zwolenników sanacji, to pewien sentyment do idei panslawizmu. W 1928 r. był jednym z inicjatorów założenia Związku Dermatologów Słowiańskich. Rok później odbył się pierwszy zjazd związku w Warszawie, co spotkało się z dużym zainteresowaniem lekarzy. Jednakże po śmierci Krzyształowicza związek ten rozpadł się.

Należał do wolnomularstwa i do YMCA. W tym drugim stowarzyszeniu był współinicjatorem budowy warszawskiego gmachu YMCA przy ul. Konopnickiej. Jego otwarcia (podobnie jak inauguracji Instytutu Radowego) już nie doczekał, umarł bowiem 20 X 1931 r.

Dziś jego imię nosi szpital powiatowy w Olkuszu i największa sala Instytutu Radowego w Warszawie.

Rektor Franciszek Krzyształowicz jest pochowany na Cmentarzu Powązkowskim (kw. 197-III-8).