Stefan Pieńkowski urodził się 9 VIII 1883 r. w samym środku dzisiejszej Polski, w Młynowie między Łęczycą a Piątkiem. Był najmłodszy z 4 dzieci Andrzeja (mechanika cukrowniczego) i Antoniny ze Słomińskich. Mając niespełna 20 lat, ukończył w Warszawie gimnazjum. Nie podjął jednak studiów, ponieważ nie było go na to stać. Do tego doszła też niechęć do rosyjskich instytucji coraz bezwzględniej realizujących kurs antypolski, a przecież Cesarski Uniwersytet Warszawski był ich kwintesencją. Patriotycznie wychowany młodzian najpierw podjął więc pracę.

Gdy już zaoszczędził wystarczającą ilość pieniędzy, w 1904 r. wyjechał na studia do Liège. Na początku naukę traktował jako klucz do kariery, ale ówczesny świat szybko się zmieniał. Fascynowano się nowymi wynalazkami: aeroplanem, automobilem, radiem. Fascynacji tej uległ również Pieńkowski i z prawdziwą pasją podjął studia elektrotechniczne. Naukę rozpoczął w Szkole Politechnicznej w Liège, ale po 3 latach przeniósł się na tamtejszy uniwersytet, by studiować fizykę. Pod koniec 1910 r. napisał po francusku pracę doktorską o elektrostatyce i kilka miesięcy później został doktorem nauk fizyczno-matematycznych. Przez pewien czas przebywał na uniwersytecie w Heidelbergu, gdzie pod kierunkiem sławnego prof. Philippa Lenarda zapoznawał się z optyką.

Pierwszą wojnę światową spędził w Belgii, publikując pierwsze artykuły i rozpoczynając pracę naukową, najpierw jako asystent, a od 1914 r. jako wykładowca fizyki.

Cały czas śledził zmiany polityczne w ojczystym kraju. Gdy Polska odzyskała niepodległość, Pieńkowski wszedł w drugą połowę swego życia. Jego znakomity uczeń Ludwik Natanson tak podsumował tę pierwszą część życia Pieńkowskiego: „To okres przygotowania, formowania charakteru i nabywania wiedzy przez studia i samodzielną pracę naukową”. Pieńkowski przyjechał do Warszawy w 1919 r., by objąć katedrę fizyki doświadczalnej odrodzonego Uniwersytetu Warszawskiego. Zrobił tak za namową ówczesnego rektora UW Stanisława Józefa Thugutta, rezygnując tym samym z intratnej posady na politechnice w belgijskim Mons. Szybko okazało się, że nowo przybyły z Belgii profesor ma także talenty organizacyjne. Jak pisał prof. Andrzej Kajetan Wróblewski: „Z niespotykaną energią zajął się wykończaniem gmachu przy ul. Hożej 69 i urządzaniem w nim laboratoriów i sal wykładowych. Dzięki niezwykłemu uporowi i pracowitości, udało mu się uzyskać potrzebne decyzje i fundusze i już po 15 miesiącach, w dniu 30 stycznia 1921 r. doprowadzić do otwarcia Zakładu Fizycznego UW w nowej siedzibie”. Dodajmy, że nie żałował też swoich prywatnych oszczędności, które wielokrotnie przeznaczał na rozbudowę zakładu. Od tego momentu przez ponad 30 lat historia uniwersyteckiego ośrodka fizyki na Hożej jest nierozerwalnie złączona z postacią Stefana Pieńkowskiego.

Talenty organizacyjne i osiągnięcia naukowe (np. badania nad ruchliwością jonów gazowych, absorbowanie roztworów niezjonizowanych, zinterpretowanie widma rtęci i kadmu przy różnego typu wzbudzeniach) sprawiły, że stawał się sławny i ceniony. W roku akademickim 1925/1926 został po raz pierwszy rektorem UW. Podczas tej kadencji utworzono pierwszy w Polsce Wydział Farmaceutyczny. Łącznie na UW studiowało już 8500 osób, ale sytuacja finansowa uczelni była zła. W sprawozdaniu z działalności UW rektor przypomniał uchwałę Senatu Akademickiego, w której stwierdzano, że jeśli sytuacja finansowa uczelni wyraźnie się nie poprawi, to kolejny rok akademicki nie zostanie rozpoczęty.

Twardą postawę Pieńkowskiego doceniono i ponownie wybrano go rektorem w 1927 r., ale stanowiska wówczas nie przyjął. Zgodził się za to następnym razem, w 1933 r., a że zmieniła się wówczas długość kadencji, więc pełnił funkcję rektora przez 3 lata.

W tym czasie Polska znalazła się na dnie kryzysu ekonomicznego. Nastroje młodzieży uległy mocnej radykalizacji. Coraz częściej do manifestacji dochodziło także na Uniwersytecie. W sprawozdaniu rektorskim z 1936 r. Pieńkowski stwierdzał z ubolewaniem, że „na uczelni dochodziło do zdarzeń, nie licujących ani z godnością akademika, zawsze rycerskiego w walce, ani z powagą i rozwagą, które obowiązują na wyższej uczelni”. Mimo trudnej sytuacji finansowej kraju Pieńkowskiemu udało się wiele zmienić. Za jego drugiej kadencji oddano do użytku Auditórium Maximum, rozpoczęto budowę Gmachu Chemii przy ul. Pasteura i (wspólnie z LOPP i IMiGW) imponującego obserwatorium na szczycie Pop Iwan, w dalekich Karpatach Wschodnich.

W tym czasie ośrodek na ul. Hożej (przemianowany już na Zakład Fizyki Doświadczalnej UW), wyposażony w najnowocześniejszą aparaturę dzięki Fundacji Rockefellera (50 tys. dolarów!), zyskiwał sławę jednego z najpoważniejszych centrów badań fizycznych w świecie. Sukcesy uniwersyteckiej fizyki kojarzono ze Stefanem Pieńkowskim. Był on też dobrym wykładowcą i pedagogiem. Skupił wokół siebie liczne grono uczniów. Jak wspomina jeden z nich: „Profesor wpajał w swoich uczniów świadomość, że nauka żąda wysiłku i ofiary. Wymagał oddania się w służbę wiedzy i sam tego oddania dawał przykłady”. Od siebie i od innych wymagał solidności i staranności. Dbał o różne estetyczne szczegóły, np. na swoim biurku lubił mieć kwiaty. Szło to w parze z zamiłowaniem do muzyki. Mało kto wiedział, że w młodości Stefan Pieńkowski grał na skrzypcach.

Miał też wyjątkową intuicję. Jak wspominał Ludwik Natanson: „Niezawodnie oceniał umysły i charaktery, zawsze umiał prowadzić ludzi tak, aby ich możliwości najlepiej były wykorzystane”. Wspominający go już po II wojnie światowej prawnik, prof. Eugeniusz Jarra, uważał go za rektora najbardziej dla uczelni zasłużonego. Pisał o Pieńkowskim: „Jowialnym usposobieniem umiał działać nader uspokajająco na przebieg obrad. Ponieważ sam nie palił, więc zamiast papierosów, wysypywał na biurko olbrzymią torbę karmelków. Tłumaczył mi kiedyś, że papierosy działają podniecająco, przez co zaogniają dyskusję, karmelki natomiast, zatykając na pewien czas usta, mają wpływ odwrotny”.

Rektor Pieńkowski oddany był nie tylko nauce, lecz także ojczyźnie, co uwidoczniło się szczególnie w czasach II wojny światowej. Nie przerywając własnych badań naukowych, prowadził zajęcia na tajnym UW. Od 1941 r. stał na czele podziemnego Wydziału Nauki i Szkolnictwa Wyższego przy Delegaturze Rządu na Kraj.

Zimą na przełomie 1944 i 1945 r. Pieńkowski przebywał w Zakopanem, ale kiedy tylko możliwy stał się powrót do stolicy, zrobił to bez wahania. Jeszcze raz musiał wykazać się talentem organizacyjnym, by w zrujnowanym mieście zorganizować uniwersytecką edukację. Od maja 1945 r. przewodniczył tymczasowemu organowi zarządzającemu uczelnią, czyli „komisji trzech”, którą oprócz Pieńkowskiego tworzyli znani profesorowie Bogdan Nawroczyński i Tadeusz Kotarbiński. Wreszcie 14 VIII odbyły się wybory rektorskie, kładące kres tymczasowości. Jak pisał Natanson: „Powstający do życia Uniwersytet, niemal odruchowo powołał go ponownie na rektora”. W ten sposób Stefan Pieńkowski po raz trzeci został rektorem UW, tym razem na 2 lata (1945–1947).

Musiał przewodniczyć uczelni, która była okrutnie zniszczona przez wojnę. Na terenie kampusu wciąż znajdowały się mogiły ofiar wojny, w dniu inauguracji w grudniu 1945 r. w Sali Kolumnowej UW (gdzie odbyła się ta uroczystość) niektóre okna zabite były dyktą. Na wniosek rektora Biuro Odbudowy Stolicy przydzieliło UW konia z furmanką, żeby wywozić gruz. Przy odbudowie pracowali studenci, najczęściej społecznie. W lutym 1946 r. Pieńkowski wziął udział w konferencji rektorów polskich uczelni (poprzednik dzisiejszego KRASP-u), w której odgrywał główną rolę.

Mniej więcej w tym czasie rektor UW musiał przeżyć niemały szok. Jego nazwisko pojawiło się na liście katyńskiej. Nie wiemy, jak zareagował, ale kłopotliwa sytuacja najpewniej szybko się wyjaśniła. Po pierwsze, okazało się, że to inny Stefan Pieńkowski – psychiatra, związany z UW tylko przez kilka lat. A po drugie, o Katyniu w ogóle przestano wspominać.

„Nasz” Stefan Pieńkowski do końca życia był czynnym zawodowo naukowcem. W 1946 r. jako znany fizyk obserwował wybuchy atomowe na atolu Bikini. W 1948 r. formalnie przeszedł na emeryturę, ale za zgodą władz nadal prowadził zajęcia na UW. W 1953 r. został pierwszym dyrektorem Instytutu Fizyki PAN. Redagował i wydawał wiele pism fachowych. Ostatnie z nich to „Postępy Fizyki”.

W Archiwum UW znajduje się ostatni podpisany przez niego służbowy list z 27 października 1953 r. Pieńkowski zawiadamiał rektora, że jest w szpitalu, ale uspokajał, że cały czas mimo choroby kieruje Zakładem Fizyki na Hożej, „bo jego lecznica położona jest przecież w pobliżu, więc łatwo o kontakt”. Niespełna cztery tygodnie później, 20 XI 1953 r., zmarł na białaczkę. Następnego dnia Uchwałą Rady Państwa „za wybitne zasługi w rozwoju nauki polskiej” został odznaczony pośmiertnie Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski.

Grób rektora Stefana Pieńkowskiego znajduje się na Cmentarzu Powązkowskim (kw. 164–31). Jego imię nosił Instytut Fizyki Doświadczalnej UW przy ul. Hożej 69. Instytucja ta, w celu upamiętnienia profesora, od 2004 r. przyznaje nagrody jego imienia utalentowanym młodym, fizykom. W stolicy, na Mokotowie, jest też skwer i ulica Stefana Pieńkowskiego. Od 2004 r. Pieńkowski jest też patronem gimnazjum w Piątku.