Franciszek Mieczysław Czubalski urodził się 30 I 1885 r. w Przysusze k. Opoczna, w domu tamtejszego zarządcy majątku.

Gdy miał lat kilkanaście, rodzice (Franciszek i Emilia) wysłali syna do gimnazjum filologicznego w pobliskim Radomiu. Po jego skończeniu w 1903 r. rozpoczął studia medyczne w Dorpacie. Niespełna 2 lata później przeniósł się do Lwowa, by tam, już bez gęstej antypolskiej atmosfery, kontynuować studia uniwersyteckie. Ukończył je w 1910 r. z tytułem doktorskim. W 1914 r. został docentem farmakologii Uniwersytetu Lwowskiego, a habilitację uzyskał za pracę Fizjologiczne działanie salvarsanu. W czasie działań wojennych w 1915 r. ewakuował się ze Lwowa do Krakowa i rozpoczął pracę na Uniwersytecie Jagiellońskim, wykładając fizjologię. W tym czasie jako rosyjski poddany na krótko został internowany w Salzburgu. Za wstawiennictwem kilku ustosunkowanych znajomych odzyskał wolność i wkrótce znów mógł poświęcić się nauce. Wrócił do Krakowa i tam w sierpniu 1916 r. za rozprawę Chemiczne podniety nerwów zdobył habilitację z drugiej dziedziny – fizjologii.

Wczesną jesienią 1916 r., jak wielu innych naukowców, przyjechał z Galicji do Warszawy, by wesprzeć kadrowo Uniwersytet Warszawski. W 1916 r. na naszej Alma Mater został kierownikiem Katedry Fizjologii i to stanowisko piastował do końca jej istnienia, tj. do 1950 r. W marcu 1919 r. został mianowany profesorem nadzwyczajnym, a 2 lata później zwyczajnym. Szybko zdobył sobie autorytet u kolegów po fachu. Od 1917 r. kilkakrotnie zasiadał w Senacie UW jako przedstawiciel Wydziału Lekarskiego, a jego pracownia fizjologii zyskała sobie renomę wzorcowej.

W czasach II RP Franciszek Czubalski był współzałożycielem Państwowego Instytutu Dentystycznego, któremu przyszło mu nawet przewodzić w latach 1930–1933. Wykładał też w Centralnym Instytucie Wychowania Fizycznego (późniejszej Akademii Wychowania Fizycznego), gdzie był kierownikiem pracowni Fizjologii Człowieka. Wcześniej dał się poznać jako dobry organizator na macierzystej uczelni, będąc dziekanem Wydziału Lekarskiego (w latach 1923–1925 i w 1934 r.). Działał w Senackiej Komisji UW ds. Budowy Domu Medyków i najwyraźniej zyskał zaufanie studentów, gdyż stał się kuratorem i opiekunem studenckiego Koła Medyków.

Profesorem był wymagającym, ale przez studentów łubianym i cenionym. Jego biograf, prof. Andrzej Trzebski, podkreślał nienaganne maniery i niezwykle elegancką powierzchowność. „Przy wysokim wzroście, prosta sylwetka Czubalskiego dodawała dystyngowanego uroku. Tego samego wymagał od swych studentów, wierząc w tzw. decorum medicinalae – zasadę, że elegancki strój lekarza ma być jak mundur, który trzeba nosić o każdej porze”. Jedna ze studentek profesora, Irena Ćwiertnia-Sitowska, wspominała, że zdający egzaminy koledzy dobrze wiedzieli, iż bez krawata do Czubalskiego się nie podchodzi. Studentki zaś najczęściej wkładały niebieskie sukienki, ponieważ ten kolor Czubalski lubił najbardziej. Nie był jednak człowiekiem staroświeckim. Nowinki techniczne śmiało wykorzystywał w swych wykładach. W 1935 r. z jego inicjatywy i na podstawie jego scenariusza w Zakładzie Fizjologii UW powstał pierwszy polski film naukowy o fizjologii krążenia. Miał też pewne ambicje pisarskie, skoro w 1938 r. wystartował w konkursie na najlepszą nowelę, zdobywając nawet nagrodę tygodnika „Dekada – Tygodnik Akademicki” za pracę Pierwsza operacja.

Przed wojną Franciszek Czubalski należał do zagorzałych zwolenników Piłsudskiego. Z Aleksandrem Prystorem, premierem, a od 1935 r. marszałkiem Senatu, pozostawał w przyjacielskich kontaktach. W 1936 r. miał być rektorem UW, ale nie przyjął tej godności wobec demonstracji środowisk narodowych żądających getta ławkowego. Był za to w latach 1935–1938 prorektorem uczelni.

Na początku okupacji (w październiku 1939 r.) został uwięziony w charakterze zakładnika na Pawiaku i choć po kilkunastu dniach odzyskał wolność, to jednak znajdował się pod stałą obserwacją gestapo. Mimo tego zajął się tworzeniem szkoły średniej dla personelu sanitarnego, będącej w rzeczywistości ukrytymi studiami medycznymi (tzw. Szkoła Zaorskiego). W 1940 r. szkoła mieściła się w Zakładzie Fizjologii Człowieka na terenie UW i niemal stale borykała się z niemieckimi szykanami. Okupant zarzucił jej za wysoki poziom nauczania i zamknął dojście przez Bramę Główną. Studenci i dystyngowany profesor musieli przedzierać się przez nieformalne dojście od strony Pałacu Tyszkiewiczów-Potockich.

Gdy w następnym roku eksmitowano szkołę z kampusu uczelnianego, Czubalski udostępnił swe mieszkanie (przy ul. Sewerynów 6) na wykłady ze studentami. Tam odbywały się również tajne posiedzenia Polskiego Towarzystwa Fizjologicznego, a rolę gospodyni znakomicie pełniła nieodłączna towarzyszka życia profesora, jego żona Stefania. Ich syn Mieczysław (ur. w 1918 r.) był żołnierzem AK, powstańcem warszawskim.

Po wojnie Franciszek Czubalski szybko wrócił do pracy na uczelni i już w czerwcu 1945 r. został obrany dziekanem wydziału. Przyczynił się do powstania Ogólnoakademickiego Komitetu Odbudowy Wyższych Uczelni w Warszawie. Był członkiem PAN i Towarzystwa Naukowego Warszawskiego. W 1947 r. reprezentował UW podczas głośnych obchodów 600-lecia Uniwersytetu Karola w Pradze. Tego samego roku gościł też na Międzynarodowym Zjeździe Fizjologów w Londynie i Oksfordzie.

W maju 1947 r. wybrano go rektorem, ale w polityce wszystko się zmieniło. Wybór musiał zatwierdzić prezydent Bolesław Bierut, co stało się faktem 9 IX tegoż roku. Rektor musiał zasiadać w Komitecie Honorowym Wystawy Książki Radzieckiej. W 1950 r. napisał krótki szkic o radzieckim fizjologu Pawłow, jako badacz i myśliciel. W 1951 r. powołano go na członka Rady Naukowej przy Ministerstwie Zdrowia. Był też przewodniczącym Sekcji Nauk Medycznych podczas I Kongresu Nauki Polskiej. Przedwojenny docent Wydziału Lekarskiego UW Zdzisław Michalski, niechętny Czubalskiemu, zarzucał mu oportunizm. Czy zarzut był słuszny? Charakterystyczna była postawa rektora w czasie planowanej inauguracji roku akademickiego w październiku 1947 r. Czubalski chciał zaprosić na uroczystość prymasa Augusta Hlonda, ale równocześnie bał się konsekwencji politycznych. Z pomocą dziekana Wydziału Teologii Katolickiej, ks. Zdzisława Obertyńskiego, znaleziono dyplomatyczne rozwiązanie – prymas zaproszenie otrzymał, i obiecał, że nie przyjdzie, lecz przyśle swego przedstawiciela. Najwyraźniej obie strony rozumiały, w jakich czasach żyją.

Ustroju komunistycznego Czubalski jednak nie akceptował, nie wstąpił do partii, a w ankietach personalnych pisanych w 1952 r. podkreślał swoje i rodzinne zaangażowanie po stronie podziemia AK. Mniej więcej w tym czasie jego bratanek (późniejszy znany urolog) Stefan Czubalski został schwytany podczas próby ucieczki do Szwecji i 3 lata spędził w więzieniu.

Franciszek Czubalski był rektorem na UW do końca 1949 r., by potem przez kolejne 3 lata piastować tę funkcję na nowo powstałej Akademii Medycznej. Jak na ironię, to właśnie Franciszek Czubalski należał do przeciwników oddzielenia nauk medycznych od Uniwersytetu i nic dziwnego, że po odwilży 1956 r. starał się o ponowne połączenie Akademii Medycznej z UW. Na próżno, być może dlatego, że ponad 70-letniemu uczonemu brakowało już sił. Wykłady z fizjologii człowieka prowadził jeszcze do wakacji 1962 r. Zmarł 8 II 1965 r., kilka miesięcy po śmierci żony.

Jego uczniowie próbowali bezskutecznie nazwać jedną ze stołecznych ulic imieniem profesora. Od jesieni 2012 r. jego imię nosi Szpital Powiatowy w Przysusze, gdzie się urodził. Z tej okazji wybito pamiątkowy medal i wydano stosowną publikację.

Mało osób wie, że w Gmachu Audytoryjnym, gdzie w listopadzie 1916 r. Franciszek Czubalski wygłosił swój pierwszy wykład na odrodzonym UW i przez dziesiątki następnych lat wykładał, znajdowała się aula jego imienia i spora tablica z podobizną zasłużonego pedagoga i lekarza.

Rektor Franciszek Czubalski jest pochowany na Cmentarzu Powązkowskim (kwatera Z-YI-17).